三、修改镜像并打包，将/appnews挂载到容器里，这里我们以运行/appsnew/usr/R/R-4.2.0/lib64/R为例

这种就可以把集群已经安装好的软件，打包到里面去，然后安转设置别的软件，比如intel编译器等，后面mpi、GPU会讲到

1、拉取

推荐使用北极星集群dockerserver

执行：

dockersearch centos

输入提示如箭头

在login06（比较快）：

singularitybuild --sandbox R-4.2.0 docker://bjxdockerfast:5000/centos7.6_bjx:latest

其他登陆节点

singularitybuild --sandbox R-4.2.0 docker://bjxdocker:5000/centos7.6_bjx:latest

或者使用docker服务器自己的：

singularitybuild --sandbox R-4.2.0 docker://centos:7.6.1810

注意:

其中R-4.2.0为sandbox的文件夹

7.6.1810为版本的tag，需要去https://hub.docker.com/搜索自己想要的版本的tag

2、创建文件夹和加载文件

mkdir R-4.2.0/appsnew

vi R-4.2.0/environment

加入这行source /appsnew/source/R-4.2.0.sh

（也可以 echo 'source /appsnew/source/R-4.2.0.sh'>> R-4.2.0/environment）

同时创建其他文件夹

mkdir R-4.2.0/lustre1

mkdir R-4.2.0/lustre2

mkdir R-4.2.0/lustre3

mkdir R-4.2.0/gpfs1

mkdir R-4.2.0/gpfs2

注意，cn_nl，cn-short不挂载gpfs，cn-long不挂载lustre3，其他包括登陆节点都挂载

3、进入系统安装相关软件，以虚拟root的身份进入的，使用root安装依赖，您没有看错是root 可以用yum

singularityshell -B /appsnew:/appsnew,/apps -w R-4.2.0

注意：-B /appsnew:/appsnew ，B为挂载选项；第一个为系统的/appsnew ，第二个为镜像内部的/appsnew ，如果同名可以直接写-B /appsnew。 -w 为挂载为可写

如果需要挂载并行文件系统，运行命令如下：

singularityshell -B /appsnew,/apps,/lustre1,/lustre2,/gpfs1,/lustre3 -w R-4.2.0

如果需要挂载并行文件系统和系统库，运行命令如下：

singularityshell -B /appsnew,/apps,/lustre1,/lustre2,/gpfs1,/lustre3,/usr,/lib64,/etc,/sys -w R-4.2.0

进入后运安装缺的包

Apptainer>yum install -y gcc gcc-c++ gcc-gfortran readline-devel bzip2-devel libXt-devel fonts-chinese tcl tcl-devel tclx tk tk-devel

Apptainer>yum install -y mesa-libGLU mesa-libGLU-devel libcurl libcurl-devel xz-devel.x86_64 pcre2-devellibicu wget which perl libgfortran5

安装完后，输入并执行exit退出系统

4、测试

singularityrun -B /appsnew,/apps R-4.2.0 R

5、打包

singularitybuild R-4.2.0.sif R-4.2.0

##打包的时候出现："Can't add file 的时候

chmod -R +r R-4.2.0 就可以，或者删除提示中没有用的文件

6、执行

singularityrun -B /appsnew:/appsnew R-4.2.0.sif R

注意：-B /appsnew:/appsnew ，B为挂载选项；第一个为系统的/appsnew ，第二个为镜像内部的/appsnew

也可以 singularityrun -B /appsnew,/apps R-4.2.0.sif R