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北极星集群使用

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四、在singularity安装举例:使用yum安装自己的gcc8(二)

信息来源: 发布日期:2022-12-07

四、安装高版本的GCC

1、在singularity使用yum安装高版本的gcc需要本地系统,所以需要进入本地系统安装,如果不涉及安装内核的内容,可以不用本地系统

我们在login05,login06,login07,login12均安装了本地系统,直接执行这个命令就可以进入

cd ~/docker

或者:

cd /docker/dockerpath/`groups |awk '{print $1}'`

2、拉取centos,推荐使用北极星集群,比较快,在login06上执行

singularitybuild --no-https --sandbox gcc8 docker://bjxdockerfast:5000/centos7.6_bjx:latest

或者其他登陆节点:

singularitybuild --no-https --sandbox gcc8 docker://bjxdocker:5000/centos7.6_bjx:latest

或者从官网上获取:

singularitybuild --sandbox gcc8 docker://centos:7.6.1810

查看tagshttps://hub.docker.com/_/centos/tags

3、创建文件夹和加载文件,这个是方便将来在北极星集群使用软件,也可以不创建

mkdir gcc8/appsnew

4、进入系统安装相关软件,以虚拟root的身份进入的

singularityshell -B /appsnew -w gcc8

Apptainer>yum install -y gcc gcc-c++ gcc-gfortran readline-devel bzip2-devel libXt-devel fonts-chinese tcl tcl-devel tclx tk tk-devel

Apptainer>yum install -y mesa-libGLU mesa-libGLU-devel libcurl libcurl-devel xz-devel.x86_64 pcre2-devel libicu wget which perl libgfortran5

Apptainer>yum install epel-release centos-release-scl -y

Apptainer>yum install devtoolset-8 -y

Apptainer>source /opt/rh/devtoolset-8/enable

Apptainer>echo "source /opt/rh/devtoolset-8/enable" >> /environment

Apptainer>gcc -v

图片关键词

5、退出后,打包或者直接挪走

因为本地docker有配额限制,请安装完打包删除,或者直接挪走

见前面打包的内容,为标题:三

Apptainer>exit

singularitybuild gcc8.sif gcc8

singularityexec gcc8.sif gcc -v

图片关键词

很小: 291M Dec 7 21:34 gcc8.sif

6、删除

删除前需要给文件夹写的权限,否则会报错

chmod -R a+w gcc8

rm -rf gcc8