四、在af中使用pymol（二）使用python下载结构、创建和查看pse文件和渲染图片-北极星高性能计算平台

北极星集群使用

当前位置：首页 -> 使用问答 -> 北极星集群使用 -> 正文

四、在af中使用pymol（二）使用python下载结构、创建和查看pse文件和渲染图片

信息来源：发布日期：2023-05-06

pse文件为pymol的会话文件；pse 文件类似于PS中的psd文件，方便修改调整。

1、进入虚拟环境--alphafold2.3，执行python

[chen@login29 etc]#source /appsnew/source/Anaconda3-2022.05-local.sh

(base)[chen@login29 etc]$conda activate alphafold2.3

(alphafold2.3)python

2、复制粘贴以下内容，配置好库文件

import pymol,os,codecs,re

from pymol import cmd

frompymol.wizardimport Wizard

from chempy import cpv

frompymol.cgoimport *

frompymol.vfontimport plain

from fnmatch import fnmatch

如下图，就说明配置成功了：

图片关键词

#下载pdb文件1G9A（以下部分可以直接复制粘贴执行）；

脚本命令请参考：

https://pymol.org/pymol-command-ref.html#orient

https://zhuanlan.zhihu.com/p/416707495

#设置下载的pdb文件

i="1G9A"

cmd.fetch(i)

#删除H键；删除水分子。如何选择，请参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/121215784

cmd.remove("hydro")

cmd.remove("(solvent and 1G9A)")

#命名1G6A文件名，保存pse文件

cmd.save("%s.pse"%i,all,-1,"pse")

#设置背景为白色；设置背景为不透明

cmd.set("bg_rgb",'white')

cmd.set("ray_opaque_background",'1')

#渲染i=1G9A图片并保存，分辨率为2000*1500 ，dpi每英寸的像素数为300

cmd.png("%s.png"%i,width=2000, height=1500, dpi=300, ray=1)

3、打开pse文件，可以直接使用图形界面打开，或者下载到本地打开

图片关键词

4、打开图形文件：

图片关键词

完整的代码：

[chen@login29 etc]# source /appsnew/source/Anaconda3-2022.05-local.sh;conda activate alphafold2.3

(alphafold2.3)python

import pymol,os,codecs,re

from pymol import cmd

frompymol.wizardimport Wizard

from chempy import cpv

frompymol.cgoimport *

frompymol.vfontimport plain

from fnmatch import fnmatch

i="1G9A"

cmd.fetch(i)

cmd.remove("hydro")

cmd.remove("(solvent and 1G9A)")

cmd.save("%s.pse"%i,all,-1,"pse")

#设置背景为白色；设置背景为不透明

cmd.set("bg_rgb", 'white')

cmd.set("ray_opaque_background", '1')

#渲染i=1G9A图片并保存，分辨率为2000*1500 ，dpi每英寸的像素数为300

cmd.png("%s.png"%i,width=2000, height=1500, dpi=300, ray=1)

上一条：四、在af中使用pymol（四）读取展示af结果并align

下一条：四、在af中使用pymol（三）添加标签，测量结构大小