库存放在/lustre3/share/RoseTTAFold-All-Atom
RFAA环境：source /appsnew/source/RFAA.sh
pymol环境：source /appsnew/source/pymol3.sh
## pymol和RFAA 冲突不能同时安装
RFAA.run 集成了上述得所有环境，无需source ，用原生得就用上述环境
一、命令格式
RFAA.run [–pymol] [pdb|fasta] [small.pdb|small.mol2]
格式说明
1、 直接跑 pdb结构 : RFAA.run 1tce.pdb
如果想只跑A链 RFAA.run 1tce.pdb:A
2、将所有的蛋白、DNA、RNA合成一个fasta文件 : RFAA.run input.fasta
！！！！这里多个蛋白或核酸链，fasta文件必须合一个文件，会被自动切割几个文件
3、 跑小分子mol2格式 : RFAA.run 1tce.pdb XG4.mol2
RFAA.run input.fasta XG4.mol2
4、 跑小分子pdb格式 : RFAA.run 1tce.pdb XG4.pdb
RFAA.run input.fasta XG4.pdb
5、 跑小分子sdf格式（OE生成的）: RFAA.run 1tce.pdb XG4.sdf
openeye（含smiles格式，推荐4，5） RFAA.run input.fasta XG4.sdf
6、 生成pymol的pse文件，和）: RFAA.run -pymol1tce 1tce.pdb XG4.sdf
RFAA.run -pymol 1tce 1tce.pdb
7、共价，预生成格式： RFAA.run 1tce.pdb XG4.pdbyaml
共价键的yaml文件生成请参考 https://github.com/baker-laboratory/RoseTTAFold-All-Atom
修改后提交同上
-h, --help 显示帮助信息
-v, --version 显示版本信息
二、提交案例-pdb
案例路径：/gpfs3/database/RFAA/alian/2JO9
1、预测已经有的PDB结构
1）提交到gpu_4l（800氨基酸以下）：pkurun-g4c 1 1 RFAA.run -pymol2JO9 2JO9.pdb:A
其中-pymol2JO9，表示跑完后会和2JO9结构alian并生成pse文件和log文件
生成的脚本如下：
(pymol3) [chen@login28 testRFAA-v100]$ cat job.srp234634
#!/bin/bash
#SBATCH -J RFA234634
#SBATCH -p gpu_4l
#SBATCH -N 1
#SBATCH -o RFA234634_%j.out
#SBATCH -e RFA234634_%j.err
#SBATCH --no-requeue
#SBATCH -A chen_g1
#SBATCH --qos=cheng4l
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --overcommit
#SBATCH --mincpus=7
RFAA.run -pymol2JO9 2JO9.pdb:A
如果想只跑A链:pkurun-g4c 1 1 RFAA.run 2JO9.pdb
2）提交到gpu_2l （800氨基酸以下）：pkurun-g2c 1 1 RFAA.run -pymol2JO9 2JO9.pdb:A
3）提交到gpu_a800（1300氨基酸以下）：pkurun-a800 1 1 RFAA.run -pymol2JO9 2JO9.pdb:A
3）提交到gpu_ah00（1300氨基酸以下）：pkurun-h800 1 1 RFAA.run -pymol2JO9 2JO9.pdb:A
三、结果
1、生成的文件
2JO9.png为绘图文件，2JO9_rfaa.log 为日志文件，2JO9_rfaa_aux.pt为torch文件，2JO9_org.fasta为pdb原始fasta文件，2JO9.pse为pymol文件，可以用pymol直接打开
yaml文件：
(pymol3) [chen@login28 2JO9]cat rf2aa/config/inference/2JO9_rfaa.yaml
#gen yaml
###bjx ./2JO9_rfaa_bjx_protein_bjx1.fasta
defaults:
- base##基本的定义，路径
job_name: "2JO9_rfaa"
protein_inputs:
A:
fasta_file: ./2JO9_rfaa_bjx_protein_bjx1.fasta
2、2JO9_rfaa.log文件
(pymol3) [chen@login28 2JO9]$ cat 2JO9_rfaa.log
pae_inter: nan##为相互作用的打分13分以下为佳
mean_plddt: 0.7583932876586914
mean_pae: 12.079401016235352
pae_prot: 12.079401016235352
#gen pymol by chenfj
2JO9: (1.526375412940979, 29, 3, 1.8148088455200195, 31, 213.0, 37)##红色为RMSD
runned min 5.62m ##跑的时间
3、打开2JO9.pse文件(2JO9.png为绘图)
使用北极星图形界面（web）直接打开来看，如下
四：不同长度蛋白质序列在不同GPU上的测试：
PDB
| 2JO9
| 3FDT
| 3DGL
| 1TCE
| 3B2U
| 3POV
| 3AY6
| 3DB6
| 1OFG
| 1MUU
| 1E7M
| 2V5P
| 1CF3
|
aa number
| 33
| 60
| 82
| 108
| 225
| 229
| 270
| 298
| 382
| 437
| 486
| 493
| 584
|
V100(min)
| 3.68
| 108.33
| 107,51
| 108.33
| 23.51
| 115.02
| 17.35
| 25.18
| 12.47
| 11.38
| 8.02
| 90.47
| 15.27
|
A800(min)
| 2.78
| 112.17
| 106.05
| 108.05
| 22.45
| 118.3
| 18.57
| 29.68
| 11.73
| 11.63
| 5.28
| 13.48
| 13.29
|
H800(min)
| 7.35
| 73.85
| 72.93
| 72.38
| 22.05
| 79.15
| 21.35
| 30.43
| 10.82
| 10.28
| 4.75
| 47.82
| 12.25
|
RMSD（埃）
|
V100
| 1.569
| 0.611
| 0.727
| 0.889
| 0.983
| 1.925
| 0.402
| 0.692
| 0.491
| 4.815
| 1.394
| 1.215
| 1.219
|
A800
| 0.8
| 0.468
| 0.684
| 0.934
| 1.294
| 2.161
| 0.383
| 0.7
| 0.522
| 6.259
| 1.142
| 1.374
| 0.505
|
H800
| 1.566
| 0.463
| 0.679
| 0.874
| 1.063
| 1.634
| 0.37
| 0.752
| 0.514
| 20.526
| 1.298
| 12.76
| 0.528
|
PDB
| 6HN1
| 4A5S
| 4ANU
| 6EQC
| 7LZH
| 5L6H
| 3D4Y
| 2F18
| 1G9A
| 4XWK
| 1T3T
| 5KIS
| 5URK
| 6MU1
|
aa number
| 610
| 741
| 833
| 953
| 960
| 1029
| 1046
| 1046
| 1291
| 1295
| 1304
| 1492
| 1739
| 2740
|
V100(min)
| 73.15
| 30.9
| 显存超了V100
|
A800(min)
| 103.46
| 29.98
| 106.28
| 102.1
| 15.03
| 108.29
| 9.6
| 11.12
| 93.36
| 49.51
| 显存超了H800
|
H800(min)
| 29.82
| 29.87
| 46.15
| 46.38
| 14.67
| 54.5
| 9
| 9.03
| 50.3
| 50.43
| 显存超了H800
|
RMSD（埃）
|
V100
| 3.197
| 17.972
| 显存超了V100
|
A800
| 1.321
| 8.049
| 5.654
| 5.595
| 41.84
| 1.284
| 2.065
| 26.87
| 6.189
| 31.92
| 显存超了H800
|
H800
| 1.511
| 7.697
| 7.609
| 12.801
| 39.421
| 1.057
| 6.225
| 1.823
| 14.407
| 29.674
| 显存超了H800
|
表上结果显示A800和H800并没有比V100快多少，而且V100最好不要超过800氨基酸，A800和H800不要超过1300，当氨基酸残基超过650个的时候RFAA的RMSD会变得异常，远不如AF2.3,不过速度会快。
结构示例：
2JO9
4A5S-a800
4A5S-V100
4ANU
2F18-a800—rmsd 26.872
2F18-h800—rmsd 1.823
