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8IT4

1、获取小分子SKU的cif文件

https://www.rcsb.org/ligand/SKU

如何查看ccdCodes：下图显示是SKU，连接原子数是29。连接的残基是A链的92位置氨基酸

下载 https://files.rcsb.org/ligands/download/SKU.cif

2、预先准备好json

记住：

a、bond必须使用cif不能用smiles，而且得自己合进json文件

b、"ccdCodes": ["SKU"] 有个[ ]区别smiles

(AF3) [chenfj@s61b04n01 testaf3]$ cat 8it4org.json

{

"name": "8IT4",

"modelSeeds": [1, 22, 333, 4444, 66666],

"sequences": [

{"protein": {

"id": "A",

"sequence": "MAAYKLVLIRHGESAWNLENRFSGWYDADLSPAGHEEAKRGGQALRDAGYEFDICFTSVQKRAIRTLWTVLDAIDQMWLPVVRTWRLNERHYGGLTGLNKAETAAKHGEAQVKIWRRSYDVPPPPMEPDHPFYSNISKDRRYADLTEDQLPSCESLKDTIARALPFWNEEIVPQIKEGKRVLIAAHGNSLRGIVKHLEGLSEEAIMELNLPTGIPIVYELDKNLKPIKPMQFLGDEETVRKAMEAVAAQGKAKKLEHHHHHH"

}

},

{"ligand": {

"id": "B",

"ccdCodes": ["SKU"]

}

}

],

"bondedAtomPairs": [

[["A", 92, "OH"], ["B", 29, "S12"]]

],

"dialect": "alphafold3",

"version": 1

}

3、合成json文件，文件都在alphafold3下

python3 alphafold3/add_userccd.py -c SKU -j 8it4org.json

或者 alphafold3/add_userccd.sh 8it4org.json SKU.cif

（校外可以联系我们提供脚本，python的脚本为朱jintao同学提供，bash脚本为提供）

4、提交任务：

pkurun-l40 1 1 AF3RUN.sh 8it4org_add_userccd.json

5、能成功运行，结果差强人意！！！！