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alphafold3安装和使用

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alphafold3蛋白和小分子相互作用(三)8R2K json模板 只有cif格式的结构(2024年11月的结构)

信息来源: 发布日期:2024-11-22

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1、查看获取小分子信息

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直接打开https://www.rcsb.org/ligand/XPI

下载sdf格式

wget https://files.rcsb.org/ligands/download/XPI_ideal.sdf

obabel -isdf XPI_ideal.sdf -osmi -O 8r2k.smi

[chenfj@login26 testnew01]$ cat 8r2k.smi

C1=C(C(=O)O[C@H]1c1c(OC)cc(OC)c(OC)c1)Nc1ccc(cc1)S(=O)(=O)N XPI

打开https://www.rcsb.org/fasta/entry/8R2K/display fasta文件

生成json格式,其中ZN和GOL等基础分子(离子),为默认的ccd格式,是有的,不需要提供smiles格式:

{

"name":"8R2K",

"modelSeeds": [1,22,333,4444,66666],

"sequences": [

{"protein": {

"id":"A",

"sequence":"MSHHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK"

}

},

{"ligand": {

"id":"B",

"smiles":"C1=C(C(=O)O[C@H]1c1c(OC)cc(OC)c(OC)c1)Nc1ccc(cc1)S(=O)(=O)N"

}

},

{"ligand": {

"id":"C",

"ccdCodes": ["ZN"]

}

}

{"ligand": {

"id":"D",

"ccdCodes": ["GOL"]

}

}

],

"dialect":"alphafold3",

"version":1

}

结果偏移了许多,蛋白质rmsd为 2.568,红色圈飘了许多

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