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使用https://www.rcsb.org/ligand/H71 的smiles格式计算
1、获取小分子信息

2、打开网页,

3、打开https://www.rcsb.org/fasta/entry/8SSV/display fasta文件
4、汇总信息、生成json文件,
8ssv.json:
"modelSeeds": [1,22,333,4444,66666],
"sequence":"GSHMLREKSEKFAFQAEVNRMMKLIINSLYKNKEIFLRELISNASDALDKIRLISLTDENALAGNEELTVKIKCDKEKNLLHVTDTGVGMTREELVKNLGTIAKSGTSEFLNKMTEAQEDGQSTSELIGQFGVGFYSAFLVADKVIVTSKHNNDTQHIWESDSNEFSVIADPRGNTLGRGTTITLVLKEEASDYLELDTIKNLVKKYSQFINFPIYVWSSKTGGGGKTVWDWELMN"
"smiles":"CC(C)NCCCn1c2c(c(ncn2)N)nc1Sc3cc4c(cc3I)OCO4"
5、提交脚本
pkurun-l40 1 1 AF3RUN.sh 8ssv.json
6、结果:
下图青色的PDB库的结构,绿色为计算的结构,蛋白质叠合的RMSD为0.275
