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alphafold3安装和使用

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alphafold3蛋白和小分子相互作用(一)8ssv json模板,小分子结构库里有的(2024年11月结构)

信息来源: 发布日期:2024-11-22

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使用https://www.rcsb.org/ligand/H71 的smiles格式计算

1、获取小分子信息

图片关键词

2、打开网页,

图片关键词

3、打开https://www.rcsb.org/fasta/entry/8SSV/display fasta文件

4、汇总信息、生成json文件,

8ssv.json:

{

"name":"8ssv",

"modelSeeds": [1,22,333,4444,66666],

"sequences": [

{"protein": {

"id":"A",

"sequence":"GSHMLREKSEKFAFQAEVNRMMKLIINSLYKNKEIFLRELISNASDALDKIRLISLTDENALAGNEELTVKIKCDKEKNLLHVTDTGVGMTREELVKNLGTIAKSGTSEFLNKMTEAQEDGQSTSELIGQFGVGFYSAFLVADKVIVTSKHNNDTQHIWESDSNEFSVIADPRGNTLGRGTTITLVLKEEASDYLELDTIKNLVKKYSQFINFPIYVWSSKTGGGGKTVWDWELMN"

}

},

{"ligand": {

"id":"B",

"smiles":"CC(C)NCCCn1c2c(c(ncn2)N)nc1Sc3cc4c(cc3I)OCO4"

}

}

],

"dialect":"alphafold3",

"version":1

}

5、提交脚本

pkurun-l40 1 1 AF3RUN.sh 8ssv.json

6、结果:

下图青色的PDB库的结构,绿色为计算的结构,蛋白质叠合的RMSD为0.275

图片关键词