2006年4月4日，北京大学在英杰交流中心隆重举行了"前沿交叉学科研究院"成立大会。正如许智宏校长在讲话中指出的，"这将是北京大学历史记载上十分重要的一笔，对北京大学的学科建设、科学研究发展和综合素质人才培养等都具有十分重要的意义"。在成立大会上，常务副校长林建华宣读了北京大学对韩启德院士任研究院院长，方竞教授任常务副院长的任命;宣读了研究院学术委员会主任和委员、跨学科研究中心主任的名单。之后，许智宏校长和韩启德院长共同为"北京大学前沿交叉学科研究院"的成立正式揭牌。
许智宏校长在大会上做了重要讲话。他指出,"北京大学学科齐全、基础雄厚，具有很好的基础学科、技术学科和医科等优势，这是为大家所公认的。众多的优秀学科为北大的高等人才教育和科学研究发展提供了良好的基础"。"多年来，学校领导和工作在科研教学第一线的教授学者积极促进和支持在北京大学的学科交叉和研究合作。在北京大学'创建世界一流大学计划（一期）'的支持下，北京大学先后建立了多个跨学科研究中心，在跨学科研究队伍的建设和基础条件建设等方面给予了一定的投入支持，大大地促进了北京大学跨学科研究，并取得了丰富的成果，为建设整体性的跨学科研究平台打下了良好基础。在'985-2期'的计划中，北京大学提出了'队伍建设为核心，学科交叉为重点，体制创新为动力'建设方针，将对学科交叉研究和教育将给予更多的重视和更多的支持。经过"北京大学前沿交叉学科研究院建设"领导小组和筹备小组一年多时间里的努力，2005年12月，学校正式批准成立前沿交叉学科研究院。""前沿交叉学科研究院将以北京大学雄厚的基础学科和先进的技术学科为基础，组织联合相关的研究力量，建设具有科学前沿性和学科交叉性的科技创新平台，开展与生命、信息和材料等先进科学与高新技术相关的创新性研究工作，使之成为具有良好学术交流环境、优良学科交叉研究条件、实体与虚体相结合的交叉学科研究基地，为科学技术发展和国家的科技创新进步做出重要贡献。"
韩启德院长在大会上做了热情而务实的讲话。他说："交叉学科研究院的成立在北京大学历史上一定是个非常有意义的日子"。对于研究院的成立，他精炼地阐述了五个观点："第一，交叉学科不是现在才提出来的，纵观古希腊以来的科学发展史，学科不断地发展、分化、融合，是科学发展的客观规律。在近年科学迅速发展，特别是知识爆炸的今天，各个现有学科都发展得越来越饱满，因此学科交叉之间的空间，就成为原始创新非常重要的渊源，所以交叉学科才显得非常的重要。北京大学要取得一流的创新成果，开展交叉学科研究也就显得非常的重要，这也是北京大学的优势所在。""第二点，我们的亲身经历告诉我们，学科交叉经常是非常困难的事。这要求从事学科交叉的人员一定要有激情全身心地投入。如果把交叉学科作为自己的副业，一定不会成功的。""第三点，我们要搞交叉研究，一定要精诚合作。如果在研究开始的时候就想到研究成果出来后成果归谁、怎么分成？合作不会成功的。如果我们不这么想，我们就能获得自由，事情就能做成。合作，会使我们的人生，使我们的工作和生活变得更加美好。""第四点，交叉学科研究院要努力做到二十四个字：虚实结合，摒弃浮躁，完善制度，项目带动，兼容并包，外向开放。""第五点，我做交叉研究院的院长 就要负起责任，为我们国家的科学做出贡献，为北大的学术发展做出贡献。我的责任是给大家创造一个宽松的环境，良好的研究条件。"
学校领导讲话之后，成立大会就开始直接体现了北京大学前沿交叉学科研究院跨学科交流的学术氛围。理论生物学研究中心副主任欧阳颀教授随即所做的学术报告"生命科学中的非线性物理"，将参加大会的教师和学生带进了科学奥妙的精彩世界。
成立大会后，举行了前沿交叉学科研究院学术委员会会议。
