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Anaconda3(三):conda安装提速:mamba; mamba和bioconda

信息来源: 发布日期:2022-11-14

mamba:

1、相比于 conda,mamba 是用 c++重写了 conda 的部分功能,运行效率显著提高,可以进行并行的下载,使用 rpm 包管理工具中的 libsolv,可以更快的解决环境依赖问题。

mamba 的使用也比较简单,首先使用 conda 安装 mamba,后面所有用到 conda 的地方,都可以使用 mamba 替换即可。

2、北极星源使用方法

cat /appsnew/source/conda.bjx >~/.condarc ;conda clean -i

conda install -y curl ### 这个必须先安装

conda install -c conda-forge -y mamba #(注意:北极星源不含conda-forge这部分)

mamba install -c bioconda -y bwa

mamba install -c bioconda -y satools

为 mamba 设置别名 alias 'conda= mamba'

3、非北极星源的使用方法,比如清华:

cat /appsnew/source/conda.tsu >~/.condarc ;conda clean -i

conda install -y curl ### 这个必须先安装

conda install -c conda-forge -y mamba

mamba install -c bioconda -y bwa

使用 bioconda 安装常用软件

mamba install -c bioconda -y bwa

mamba install -c bioconda -y samtools

mamba install -c bioconda -y blast

mamba install -c bioconda -y blat

mamba install -c bioconda -y bcftools ### 必须先安装curl 否则这里会先安装旧版本的

mamba install -c bioconda -y mummer

mamba install -c bioconda -y mafft

mamba install -c bioconda -y muscle

mamba install -c bioconda -y lastz

mamba install -c bioconda -y sratools ##貌似没有了

mamba install -c bioconda -y seqkit

mamba install -c bioconda -y seqtk

mamba install -c bioconda -y bedtools

mamba install -c bioconda -y bedops

mamba install -c bioconda -y gfatools

mamba install -c bioconda -y circos

mamba install -c bioconda -y entrez-direct

mamba install -c bioconda -y emboss

安装数据质控软件

mamba install -c bioconda -y fastqc multiqc

mamba install -c bioconda -y trimmomatic

mamba install -c bioconda -y fastp

mamba create -n nanoplot -y nanoplot

安装基因组拼接相关工具

mamba install -c bioconda -y velvet

mamba install -c bioconda -y flye

mamba install -c bioconda -y miniasm

mamba install -c bioconda -y canu

mamba install -c bioconda -y megahit

mamba install -c bioconda -y spades

mamba install -c bioconda -y quast

mamba install -c bioconda -y racon

mamba install -c bioconda -y miniasm

mamba install -c bioconda -y nanopolish

安装基因功能分析软件

mamba install -c bioconda -y prodigal

mamba install -c bioconda -y glimmer

mamba install -c bioconda -y augustus

mamba install -c bioconda -y trf

报错:

mamba install -c bioconda -y bcftools #,会报错,其他没有问题

因为:

curl 7.26.0 太老了

报错为: curl_url_cleanup

conda 提示符消失怎么弄:

https://zhuanlan.zhihu.com/p/572716915