Anaconda3（二）、创建虚拟环境，tensorflow安装和bioconda安装

一、启动Anaconda3

使用系统的Anaconda3

source /appsnew/source/Anaconda3.sh ##默认源

source /appsnew/source/Anaconda3-2022.05-local.sh##北极星源

使用自己安装的Anaconda3（参考Anaconda3（一））

source /lustre1/gaog/gaogg/source/Anaconda3.sh ##

二、创建~/.conda的软连接

如果home目录下没有足够空间：

北极星集群：

rm -rf ~/.conda ; mkdir /lustre1/${USER}/.conda##(子账号： mkdir /lustre1/`groups`/${USER}/.conda）

ln -s /lustre1/${USER}/.conda  ~/.conda##(子账号： ln -s /lustre1/`groups`/${USER}/.conda ~/.conda）

教学集群：

rm -rf ~/.conda ; mkdir /gpfs1/${USER}/.conda;

ln -s /gpfs1/${USER}/.conda  ~/.conda

三、创建激活，查看，删除，重命名虚拟环境

1、创建默认虚拟环境

conda create -n AI python=3.8 ## 安装到 ~/.conda/envs 下 

conda activate AI ###激活虚拟环境

conda deactivate 

删除：conda remove -n AI --all 

重命名：

conda create -n py3.8 --clone AI;

conda remove -n AI --all

2、创建指定虚拟环境

1）北极星主账号

conda create  python=3.8 -p /lustre1/${USER}/apps/Anaconda3/.conda/envs/AI  ##指定路径安装

conda activate /lustre1/${USER}/Anaconda3/.conda/envs/AI

conda install -c bioconda cutadapt

conda deactivate

##注意，退出后如果没有提示符，执行 source /etc/profile 或者 PS1='[\u@\h \W]# '

##进入后没有提示符，可以输入 PS1='($CONDA_DEFAULT_ENV)[\u@\h \W]# '

删除：conda env remove  --prefix=/lustre1/${USER}/apps/Anaconda3/.conda/envs/AI

重命名：同1

2）北极星子账号

conda create  python=3.8 -p /lustre1/`groups`/${USER}/apps/Anaconda3/.conda/envs/AI  ##指定路径安装

conda activate /lustre1/${USER}/`groups`/Anaconda3/.conda/envs/AI

conda install -c bioconda cutadapt

conda deactivate

##注意，退出后如果没有提示符，执行 source /etc/profile 或者 PS1='[\u@\h \W]# '

##进入后没有提示符，可以输入 PS1='($CONDA_DEFAULT_ENV)[\u@\h \W]# '

删除：conda env remove  --prefix=/lustre1/`groups`/${USER}/apps/Anaconda3/.conda/envs/AI

重命名：同1

3）教学集群

conda create  python=3.8 -p /gpfs1/${USER}/apps/Anaconda3/.conda/envs/AI  ##指定路径安装

conda activate /gpfs1/${USER}/apps/Anaconda3/.conda/envs/AI

conda install -c bioconda cutadapt

conda deactivate

##注意，退出后如果没有提示符，执行 source /etc/profile 或者 PS1='[\u@\h \W]# '

##进入后没有提示符，可以输入 PS1='($CONDA_DEFAULT_ENV)[\u@\h \W]# '

删除：conda env remove  --prefix=/gpfs1/${USER}/apps/Anaconda3/.conda/envs/AI

重命名：同1

3、查看虚拟环境

conda info --e; conda env list

三、tensorflow安装和bioconda安装

这里以教学集群为例子：

conda activate /gpfs1/${USER}/apps/Anaconda3/.conda/envs/AI

cat /appsnew/source/conda.bjx >~/.condarc  

conda clean -i

conda install -c bioconda cutadapt

conda install tensorflow-gpu

conda install r

四、不同源切换：

cat /appsnew/source/conda.tsu >~/.condarc;conda clean -i

conda.bfsu  # 外国语学院，以下均含有bioconda r

conda.bjx     #北极星本地源，最快

conda.douban #豆瓣源

conda.tsu  #清华源

清掉源 rm -rf  ~/.condarc ;conda clean -i

切换错误，忽略：如下报错，可以忽略