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一、singularity快速使用入门-北极星
Singularity 是一个开放源码容器平台，旨在简化、快速和安全。Singularity 是针对 EPC 和 HPC 工作负载进行优化的，允许不受信任的用户以可信的方式运行不受信任的容器，就是可以在容器里面享受root权限一、singularity容器技术在北极星集群的快速使用这里以autodock4为例（尽量在login06会快些）1、查询镜像，推荐使用docker比较全，singulari
2024-03-21 admin 418
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二、singularity使用北极星环境的镜像--运行北极星程序-matlab-R-mpi编译器
二、使用北极星环境的镜像--运行北极星程序-matlab-R-mpi编译器北极星的运行的环境为centos:7.6.18101、搜索镜像；推荐在login06下载为内网：运行：dockersearch bjx # 或者dockersearch centos运行结构如下图：其中login06：docker://bjxdockerfast:5000/centos7.6_bjxenv_0:latest
2022-12-02 admin 252
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三、查询tag，和使用原生centos挂载使用北极星集群安装软件--singularity修改、打包和运行镜像
三、修改镜像并打包，将/appnews挂载到容器里，这里我们以运行/appsnew/usr/R/R-4.2.0/lib64/R为例这种就可以把集群已经安装好的软件，打包到里面去，然后安转设置别的软件，比如intel编译器等，后面mpi、GPU会讲到1、拉取推荐使用北极星集群dockerserver执行：dockersearch centos输入提示如箭头在login06（比较快）：singular
2022-12-05 admin 151
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四、在singularity安装举例：安装自己的R（一）
三、本节为如何构建自己的虚拟centos7.6 有yum权限，你可以编译安装别的东西，这里以R为例1、拉取并进入新的镜像，推荐使用北极星集群的docker服务器会快些singularitybuild --sandbox R-4.1.2 docker://bjxdocker:5000/centos7.6_bjx:latestsingularitybuild --sandbox R-4.1.2
2022-12-05 admin 234
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![四、在singularity安装举例：使用yum安装自己的gcc8（二）]()
四、在singularity安装举例：使用yum安装自己的gcc8（二）
四、安装高版本的GCC1、在singularity使用yum安装高版本的gcc需要本地系统，所以需要进入本地系统安装，如果不涉及安装内核的内容，可以不用本地系统我们在login05，login06，login07，login12均安装了本地系统，直接执行这个命令就可以进入cd ~/docker或者：cd /docker/dockerpath/`groups |awk '{print $1}
2022-12-07 admin 402
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![四、在singularity安装举例：在北极星集群里运行centos8.4（python3）以及ubuntu（三）]()
四、在singularity安装举例：在北极星集群里运行centos8.4（python3）以及ubuntu（三）
这里我们以centos8.4为例子，这个版本python2已经换成python31、搜索dockersearch centos82、获取高版本的centos，如果涉及修改内核等，需要进入本地系统，参考（二）推荐使用北极星集群，比较快，在login06上执行singularitybuild --no-https --sandbox centos8.4 docker://bjxdockerfast:
2022-12-08 admin 94
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![五、singularity之MPI--在容器中使用amber的mpi（一）]()
五、singularity之MPI--在容器中使用amber的mpi（一）
MPI是一个跨语言的通讯协议，用于编写并行计算，主要是跨节点并行（一）、singularity中使用mpi--amber，使用北极星环境中的amber1、在 /lustre1等并行文件系统执行一下命令，在login06上执行singularitybuild --sandbox centos7.6_bjxenv_0 docker://bjxdockerfast:5000/centos7.6_
2022-12-05 admin 109
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![五、singularity之MPI--在容器中amber编译（含cuda））和使用容器中的amber MPI（二）]()
五、singularity之MPI--在容器中amber编译（含cuda））和使用容器中的amber MPI（二）
（二）、singularity中使用mpi--amber，自己编译amber（含cuda）1、在login06上执行singularitybuild --sandbox centos7.6_bjxenv_0 docker://bjxdockerfast:5000/centos7.6_bjxenv_0 其他登陆节点：singularitybuild --sandbox centos7.6_
2022-12-06 admin 103
