北极星集群使用

  • filezilla文件传输方法

    通过堡垒机网页打开filezilla软件,稳定传输数据访问https://10.100.1.88,网站登录时先输入静态密码,跳转页面后再输入动态密码;点击可访问设备,选择一个登陆节点,点击下面的filezilla图标;软件会自动打开,注意本机已安装filezilla软件,并且filezilla软件中不要勾选记住密码。

    2023-05-20 admin 831

  • 一、登陆北极星集群图形界面

    北极星高性能计算平台图形界面登录地址为:https://10.100.1.89/,账号以及初始静态密码请联系管理员申请。首次登陆请使用账号以及初始静态密码。登录后根据提示手机下载freeotp或者authenticator软件扫描二维码,手机出现账号以及6位动态密码。如下图点击完成绑定。两步认证密码,请输入手机上的6位动态码并点击提交。设置静态密码,如下图,需要注意设置静态密码即可,不需要再输入6

    2023-05-05 admin 196

  • 一、在北极星集群运行alphafold2和结构展示

    在北极星集群运行alphafold2:一、创建并进入lustre3文件夹(lustre1/2/4 gpfs1/2/3,运行比较慢)mkdir /lustre3/groupname/yourname二、单GPU执行:四卡GPU:alphafold-g4c your.fasta 双卡GPU:alphafold-g2c your.fasta --------------------------

    2023-05-02 admin 1967

  • 一、singularity快速使用入门-北极星

    Singularity 是一个开放源码容器平台,旨在简化、快速和安全。Singularity 是针对 EPC 和 HPC 工作负载进行优化的,允许不受信任的用户以可信的方式运行不受信任的容器,就是可以在容器里面享受root权限一、singularity容器技术在北极星集群的快速使用这里以autodock4为例(尽量在login06会快些)1、查询镜像,推荐使用docker比较全,singulari

    2024-03-21 admin 418

  • 二、在图形界面中使用终端启动Rstudio,并定义自己的R路径和自己的编译环境

    1、如下图打开终端2、在终端里输入或者设置R的路径:1)R路径[fangt@login25 ~]# source /appsnew/source/R-4.2.3.sh或者输入 export R_HOME=/appsnew/usr/R/R-4.2.3/lib64/Rexport PATH=$R_HOME/bin:$PATH2)gcc路径,这里我们使用gcc8.0[fangt@login25 ~]#

    2023-05-25 admin 132

  • 二、在北极星集群运行alphafold2.2

    在北极星集群运行alphafold2.2:一、创建并进入lustre3文件夹(lustre1/2/4 gpfs1/2/3,运行比较慢)mkdir /lustre3/groupname/yourname二、使用GPU1、单GPU执行:A、单体四卡GPU:alphafold2.2-g4c your.fasta 双卡GPU:alphafold2.2-g2c your.fasta B:多聚体四卡GP

    2023-05-02 admin 177

  • 三、在图形界面创建桌面快捷方式-(一)rstudio和自定义桌面图标启动不同版本R和环境

    使用系统的R,在rstuio里可以安装自己的R包1、创建桌面快捷命令的文件夹[chen@login25 ~] mkdir -p ~/my.desktop2、建立shell命令文件,参考 第部分二vi ~/my.desktop/rstudio-r4.2.3.desktopsource /appsnew/source/R-4.2.3.shsource /opt/rh/devtoolset-8/ena

    2023-10-18 admin 95

  • 三、在北极星集群运行alphafold2.3-运行

    在北极星集群运行alphafold2.3:一、创建并进入lustre3文件夹(lustre1/2/4 gpfs1/2/3,运行比较慢)mkdir /lustre3/groupname/yourname二、使用GPU1、单GPU执行(自动识别多聚体):四卡GPU:af2.3-g4c your.fasta 双卡GPU:af2.3-g2c your.fasta -----------------

    2023-06-03 admin 61

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