一、在北极星集群运行alphafold2和结构展示

在北极星集群运行alphafold2：一、创建并进入lustre3文件夹（lustre1/2/4 gpfs1/2/3,运行比较慢）mkdir /lustre3/groupname/yourname二、单GPU执行：四卡GPU：alphafold-g4c your.fasta 双卡GPU：alphafold-g2c your.fasta --------------------------

2023-05-02 admin 1967

二、在北极星集群运行alphafold2.2

在北极星集群运行alphafold2.2：一、创建并进入lustre3文件夹（lustre1/2/4 gpfs1/2/3,运行比较慢）mkdir /lustre3/groupname/yourname二、使用GPU1、单GPU执行：A、单体四卡GPU：alphafold2.2-g4c your.fasta 双卡GPU：alphafold2.2-g2c your.fasta B：多聚体四卡GP

2023-05-02 admin 177

三、在北极星集群运行alphafold2.3-运行

在北极星集群运行alphafold2.3：一、创建并进入lustre3文件夹（lustre1/2/4 gpfs1/2/3,运行比较慢）mkdir /lustre3/groupname/yourname二、使用GPU1、单GPU执行（自动识别多聚体）：四卡GPU：af2.3-g4c your.fasta 双卡GPU：af2.3-g2c your.fasta -----------------

2023-06-03 admin 61

四、在af中使用pymol（一）conda下的pymol安装和创建桌面图标

（一）conda下的pymol安装1、linux下的安装配置环境source /appsnew/source/Anaconda3-2022.05-local.sh创建虚拟环境conda create -n pymol2.5安装pymol2.5版本conda install -c schrodinger -c conda-forge pymol或安装pymol2.4等版本conda install

2023-05-05 admin 34

四、在af中使用pymol（二）使用python下载结构、创建和查看pse文件和渲染图片

pse文件为pymol的会话文件；pse 文件类似于PS中的psd文件，方便修改调整。1、进入虚拟环境--alphafold2.3，执行python[chen@login29 etc]# source /appsnew/source/Anaconda3-2022.05-local.sh(base)[chen@login29 etc]$conda activate alphafold2.3(alp

2023-05-06 admin 19

四、在af中使用pymol（三）添加标签，测量结构大小

这里我们调用了cgo类去绘图label，参考 https://pymolwiki.org/index.php/Category:CGO 先定义一个函数，然后调用它，具体看注释def add_label(w,obj,s): #调用cgo类 cgo = [] #获取最大最小坐标 minxyz,maxxyz = cmd.ge

2023-05-05 admin 35

四、在af中使用pymol（四）读取展示af结果并align

2023-05-06 admin 14