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一·、在北极星集群上提交RoseTTAFold-All-Atom------PDB格式
在北极星集群上提交RoseTTAFold-All-Atom一、命令格式RFAA.run [–pymol] [pdb|fasta] [small.pdb|small.mol2]格式说明1、 直接跑 pdb结构 : RFAA.run 1tce.pdb 如果想只跑A链 RFAA.run 1tce.pdb:A 2、将所有的蛋白、DNA、RNA合成一个fasta文件 : RFAA.run in
2024-04-13 admin 0
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二、在北极星集群上提交RoseTTAFold-All-Atom------fasta格式
在北极星集群上提交RoseTTAFold-All-Atom------fasta格式一、fasta格式，必须按照标准来定义：1、蛋白的fasta>2V5P_1|Chains A, B|CATION-INDEPENDENT MANNOSE-6-PHOSPHATE RECEPTOR|Homo sapiens (9606)MKSNEHDDCQVTNPSTGHLFDLSSLSGRAGFTAAYSEK
2024-04-13 admin 0
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三、在北极星集群上提交RoseTTAFold-All-Atom------核酸序列
一、fasta格式，必须按照标准来定义：1、核酸和蛋白的fasta格式：8IK4_org.fasta：>8IK4_1|Chains A, B|Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrB subunit|Escherichia coli K-12 (83333)MESIQPWIEKFIKQAQQQRSQSTKDYPTSYRNLRVKL
2024-04-13 admin 0
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四、在北极星集群上提交RoseTTAFold-All-Atom------和小分子非共价相互作用
一、命令格式RFAA.run [–pymol] [pdb|fasta] [small.pdb|small.mol2]格式说明3、 跑小分子mol2格式 : RFAA.run 1tce.pdb XG4.mol2 RFAA.run input.fasta XG4.mol24、 跑小分子pdb格式 : RFAA.run 1tc
2024-04-12 admin 0
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![五、在北极星集群上提交RoseTTAFold-All-Atom------和小分子共价相互作用]()
五、在北极星集群上提交RoseTTAFold-All-Atom------和小分子共价相互作用
一、提交案例- 8IT4+小分子案例路径：/gpfs3/database/RFAA/alian1、获取小分子8IT4small.pdb：参考小分子非共价作用 方法一，打开https://files.rcsb.org/view/8IT4.pdb拖到最后，找到小分子内容复制并保存小分子文件8IT4small.pdb方法二：使用pymol提取 2、生成初始yaml文件执行命令：RFAA.run 8IT4
2024-04-11 admin 0
