四、在af中使用pymol（三）添加标签，测量结构大小

2023-05-05 18:58:12 admin 35

这里我们调用了cgo类去绘图label，参考 https://pymolwiki.org/index.php/Category:CGO

先定义一个函数，然后调用它，具体看注释

def add_label(w,obj,s):
           #调用cgo类
           cgo = []
           #获取最大最小坐标
           minxyz,maxxyz = cmd.get_extent(obj, state=0)
           #获取中心坐标
           center_x, center_y, center_z= [ (minxyz[0]+maxxyz[0])/2  , (minxyz[1]+maxxyz[1])/2 ,      (minxyz[2]+maxxyz[2])/2     ]
           #获取大小坐标
           size_x, size_y, size_z = [maxxyz[0]-minxyz[0], -minxyz[1]+maxxyz[1],-minxyz[2]+maxxyz[2]]
           #获取中心坐标最大值
           maxl=max(center_x,center_y,center_z)
           #获取label的位置坐标，放在z轴上，x轴负移动1-8倍中心坐标值，避开结构，自己调整
           label_z_pos = [minxyz[0]-2*maxl,     minxyz[1]    ,   center_z]
           #w="x:"+str(round(center_x,2))+" y:"+str(round(center_y,2))+" z:"+str(round(center_z,2))+" W:"+w
           #根据坐标轴中心位置的大小，确定字体坐标轴的大小，从而确定字体大小，这里s取值为0.1-1.5，自己定
           axesp=round(maxl*s,1)
           axes = [[axesp,0.0,0.0],[0.0,axesp,0.0],[0.0,0.0,axesp]]  
           #创建字体标签
           wire_text(cgo,plain,label_z_pos,w,axes)  
           #设定字体标签的粗细  
           cmd.set("cgo_line_radius",0.5)
           cmd.load_cgo(cgo,'times')
           #设定颜色
           cmd.color_deep("orange", 'times', 0)
           cmd.zoom("all",1.0)

add_label ("happy",i,0.5)  ##不支持中文哦

完整的代码,复制粘贴就可以执行：

import pymol,os,codecs,re

from pymol import cmd

from pymol.wizard import Wizard

from chempy import cpv

from pymol.cgo import *

from pymol.vfont import plain

from fnmatch import fnmatch

i="1G9A"

cmd.fetch(i)

cmd.remove("hydro")

cmd.remove("(solvent and 1G9A)")

def add_label(w,obj,s):

cgo = []

minxyz,maxxyz = cmd.get_extent(obj, state=0)

center_x, center_y, center_z= [ (minxyz[0]+maxxyz[0])/2 , (minxyz[1]+maxxyz[1])/2 , (minxyz[2]+maxxyz[2])/2 ]

size_x, size_y, size_z = [maxxyz[0]-minxyz[0], -minxyz[1]+maxxyz[1],-minxyz[2]+maxxyz[2]]

maxl=max(center_x,center_y,center_z)

label_z_pos = [minxyz[0]-2*maxl, minxyz[1] , center_z]

#w="x:"+str(round(center_x,2))+" y:"+str(round(center_y,2))+" z:"+str(round(center_z,2))+" W:"+w

axesp=round(maxl*s,1)

axes = [[axesp,0.0,0.0],[0.0,axesp,0.0],[0.0,0.0,axesp]]

wire_text(cgo,plain,label_z_pos,w,axes)

cmd.set("cgo_line_radius",0.2)

cmd.load_cgo(cgo,'times')

cmd.color_deep("orange", 'times', 0)

cmd.zoom("all",1.0)

add_label ("happy",i,0.5)

cmd.save("%s.pse"%i,all,-1,"pse")

cmd.set("bg_rgb", 'white')

cmd.set("ray_opaque_background", '1')

cmd.png("%s.png"%i,width=2000, height=1500, dpi=300, ray=1)

渲染后的效果图：

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在北极星集群使用alphafold和pymol

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