一·、在北极星集群上提交RoseTTAFold-All-Atom------PDB格式

2024-04-13 08:27:00 admin 0

库存放在/lustre3/share/RoseTTAFold-All-Atom

RFAA环境：source /appsnew/source/RFAA.sh

pymol环境：source /appsnew/source/pymol3.sh

## pymol和RFAA 冲突不能同时安装

RFAA.run 集成了上述得所有环境，无需source ，用原生得就用上述环境

一、命令格式

RFAA.run [–pymol] [pdb|fasta] [small.pdb|small.mol2]

格式说明

1、直接跑 pdb结构 : RFAA.run 1tce.pdb

如果想只跑A链 RFAA.run 1tce.pdb:A

2、将所有的蛋白、DNA、RNA合成一个fasta文件 : RFAA.run input.fasta

！！！！这里多个蛋白或核酸链，fasta文件必须合一个文件，会被自动切割几个文件

3、跑小分子mol2格式 : RFAA.run 1tce.pdb XG4.mol2

RFAA.run input.fasta XG4.mol2

4、跑小分子pdb格式 : RFAA.run 1tce.pdb XG4.pdb

RFAA.run input.fasta XG4.pdb

5、跑小分子sdf格式（OE生成的）: RFAA.run 1tce.pdb XG4.sdf

openeye（含smiles格式，推荐4，5） RFAA.run input.fasta XG4.sdf

6、生成pymol的pse文件，和）: RFAA.run -pymol1tce 1tce.pdb XG4.sdf

RFAA.run -pymol 1tce 1tce.pdb

7、共价，预生成格式： RFAA.run 1tce.pdb XG4.pdbyaml

共价键的yaml文件生成请参考 https://github.com/baker-laboratory/RoseTTAFold-All-Atom

修改后提交同上

-h, --help 显示帮助信息

-v, --version 显示版本信息

二、提交案例-pdb

案例路径：/gpfs3/database/RFAA/alian/2JO9

1、预测已经有的PDB结构

1）提交到gpu_4l（800氨基酸以下）：pkurun-g4c 1 1 RFAA.run -pymol2JO9 2JO9.pdb:A

其中-pymol2JO9，表示跑完后会和2JO9结构alian并生成pse文件和log文件

生成的脚本如下：

(pymol3) [chen@login28 testRFAA-v100]$ cat job.srp234634

#!/bin/bash

#SBATCH -J RFA234634

#SBATCH -p gpu_4l

#SBATCH -N 1

#SBATCH -o RFA234634_%j.out

#SBATCH -e RFA234634_%j.err

#SBATCH --no-requeue

#SBATCH -A chen_g1

#SBATCH --qos=cheng4l

#SBATCH --gres=gpu:1

#SBATCH --overcommit

#SBATCH --mincpus=7

RFAA.run -pymol2JO9 2JO9.pdb:A

如果想只跑A链: pkurun-g4c 1 1 RFAA.run 2JO9.pdb

2）提交到gpu_2l （800氨基酸以下）：pkurun-g2c 1 1 RFAA.run -pymol2JO9 2JO9.pdb:A

3）提交到gpu_a800（1300氨基酸以下）：pkurun-a800 1 1 RFAA.run -pymol2JO9 2JO9.pdb:A

3）提交到gpu_ah00（1300氨基酸以下）：pkurun-h800 1 1 RFAA.run -pymol2JO9 2JO9.pdb:A

三、结果

1、生成的文件

图片关键词

2JO9.png为绘图文件，2JO9_rfaa.log 为日志文件，2JO9_rfaa_aux.pt为torch文件，2JO9_org.fasta为pdb原始fasta文件，2JO9.pse为pymol文件，可以用pymol直接打开

yaml文件：

(pymol3) [chen@login28 2JO9]cat rf2aa/config/inference/2JO9_rfaa.yaml

#gen yaml

###bjx ./2JO9_rfaa_bjx_protein_bjx1.fasta

defaults:

- base##基本的定义，路径

job_name: "2JO9_rfaa"

protein_inputs:

fasta_file: ./2JO9_rfaa_bjx_protein_bjx1.fasta

2、2JO9_rfaa.log文件

(pymol3) [chen@login28 2JO9]$ cat 2JO9_rfaa.log

pae_inter: nan ##为相互作用的打分13分以下为佳

mean_plddt: 0.7583932876586914

mean_pae: 12.079401016235352

pae_prot: 12.079401016235352

#gen pymol by chenfj

2JO9: (1.526375412940979, 29, 3, 1.8148088455200195, 31, 213.0, 37) ##红色为RMSD

runned min 5.62m ## 跑的时间

3、打开2JO9.pse文件(2JO9.png为绘图)

使用北极星图形界面（web）直接打开来看，如下

图片关键词

四：不同长度蛋白质序列在不同GPU上的测试：

PDB	2JO9	3FDT	3DGL	1TCE	3B2U	3POV	3AY6	3DB6	1OFG	1MUU	1E7M	2V5P	1CF3
aa number	33	60	82	108	225	229	270	298	382	437	486	493	584
V100(min)	3.68	108.33	107,51	108.33	23.51	115.02	17.35	25.18	12.47	11.38	8.02	90.47	15.27
A800(min)	2.78	112.17	106.05	108.05	22.45	118.3	18.57	29.68	11.73	11.63	5.28	13.48	13.29
H800(min)	7.35	73.85	72.93	72.38	22.05	79.15	21.35	30.43	10.82	10.28	4.75	47.82	12.25
RMSD（埃）
V100	1.569	0.611	0.727	0.889	0.983	1.925	0.402	0.692	0.491	4.815	1.394	1.215	1.219
A800	0.8	0.468	0.684	0.934	1.294	2.161	0.383	0.7	0.522	6.259	1.142	1.374	0.505
H800	1.566	0.463	0.679	0.874	1.063	1.634	0.37	0.752	0.514	20.526	1.298	12.76	0.528

PDB	6HN1	4A5S	4ANU	6EQC	7LZH	5L6H	3D4Y	2F18	1G9A	4XWK	1T3T	5KIS	5URK	6MU1
aa number	610	741	833	953	960	1029	1046	1046	1291	1295	1304	1492	1739	2740
V100(min)	73.15	30.9	显存超了V100
A800(min)	103.46	29.98	106.28	102.1	15.03	108.29	9.6	11.12	93.36	49.51	显存超了H800
H800(min)	29.82	29.87	46.15	46.38	14.67	54.5	9	9.03	50.3	50.43	显存超了H800
RMSD（埃）
V100	3.197	17.972	显存超了V100
A800	1.321	8.049	5.654	5.595	41.84	1.284	2.065	26.87	6.189	31.92	显存超了H800
H800	1.511	7.697	7.609	12.801	39.421	1.057	6.225	1.823	14.407	29.674	显存超了H800