三、在北极星集群上提交RoseTTAFold-All-Atom------核酸序列

一、fasta格式，必须按照标准来定义：

1、核酸和蛋白的fasta格式：

8IK4_org.fasta：

>8IK4_1|Chains A, B|Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrB subunit|Escherichia coli K-12 (83333)

MESIQPWIEKFIKQAQQQRSQSTKDYPTSYRNLRVKLSFGYGNFTSIPWFAFLGEGQEASNGIYPVIFYYKDFDELVLAYGISDTNEPHAQWQFSSDIPKTIAEYFQATSGVYPKKYGQSYYACSQKVSQGIDYTRFASMLDNIINDYKLIFNSGKSVIPPLEGHHHHHH

>8IK4_2|Chain C|DNA (5'-D(*AP*GP*AP*(5CM)P*CP*GP*GP*TP*AP*G)-3')|DNA molecule (2853804)

TGAGACCGGTAGC

>8IK4_3|Chain D|DNA (5'-D(*CP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*T)-3')|DNA molecule (2853804)

AGCTACCGGTCTC

二、命令格式

RFAA.run  [–pymol]  [pdb|fasta]  [small.pdb|small.mol2]

格式说明

1、  直接跑 pdb结构 : RFAA.run  1tce.pdb 

如果想只跑A链 RFAA.run  1tce.pdb:A

 2、将所有的蛋白、DNA、RNA合成一个fasta文件 : RFAA.run  input.fasta 

！！！！这里多个蛋白或核酸链，fasta文件必须合一个文件，会被自动切割几个文件

 3、 跑小分子mol2格式 :  RFAA.run  1tce.pdb     XG4.mol2

                          RFAA.run  input.fasta  XG4.mol2

 4、 跑小分子pdb格式  :  RFAA.run  1tce.pdb     XG4.pdb

                          RFAA.run  input.fasta  XG4.pdb

 5、 跑小分子sdf格式（OE生成的）:  RFAA.run  1tce.pdb     XG4.sdf

openeye（含smiles格式，推荐4，5）  RFAA.run  input.fasta  XG4.sdf

 6、 生成pymol的pse文件，和）:     RFAA.run -pymol1tce 1tce.pdb     XG4.sdf

                                    RFAA.run -pymol 1tce 1tce.pdb  

 7、共价，预生成格式： RFAA.run  1tce.pdb     XG4.pdbyaml

共价键的yaml文件生成请参考 https://github.com/baker-laboratory/RoseTTAFold-All-Atom

修改后提交同上

  -h, --help      显示帮助信息

  -v, --version   显示版本信息

三、提交案例-fasta

案例路径：/gpfs3/database/RFAA/alian

1、建立并保存fasta： 8IK4_rfaa.fasta

>8IK4_1|Chains A, B|Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrB subunit|Escherichia coli K-12 (83333)

MESIQPWIEKFIKQAQQQRSQSTKDYPTSYRNLRVKLSFGYGNFTSIPWFAFLGEGQEASNGIYPVIFYYKDFDELVLAYGISDTNEPHAQWQFSSDIPKTIAEYFQATSGVYPKKYGQSYYACSQKVSQGIDYTRFASMLDNIINDYKLIFNSGKSVIPPLEGHHHHHH

>8IK4_2|Chain C|DNA (5'-D(*AP*GP*AP*(5CM)P*CP*GP*GP*TP*AP*G)-3')|DNA molecule (2853804)

TGAGACCGGTAGC

>8IK4_3|Chain D|DNA (5'-D(*CP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*T)-3')|DNA molecule (2853804)

AGCTACCGGTCTC

2、yaml文件

cat rf2aa/config/inference/8IK4_rfaa.yaml

#gen yaml 

###bjx ./8IK4_rfaa_bjx_protein_bjx1.fasta

###bjx ./8IK4_rfaa_bjx_dna_bjx2.fasta

###bjx ./8IK4_rfaa_bjx_dna_bjx3.fasta

defaults:

  - base

job_name: "8IK4_rfaa"

protein_inputs:

  A:

     fasta_file: ./8IK4_rfaa_bjx_protein_bjx1.fasta

na_inputs:

  B:

     fasta: ./8IK4_rfaa_bjx_dna_bjx2.fasta

     input_type: "dna"

  C:

     fasta: ./8IK4_rfaa_bjx_dna_bjx3.fasta

     input_type: "dna"

3、提交任务

1）提交到gpu_4l （800氨基酸以下）：   pkurun-g4c 1 1 RFAA.run -pymol 8IK4 8IK4_rfaa.fasta

提交脚本

#!/bin/bash

#SBATCH -J RFA002851

#SBATCH -p gpu_4l

#SBATCH -N 1

#SBATCH -o RFA002851_%j.out

#SBATCH -e RFA002851_%j.err

#SBATCH --no-requeue

#SBATCH -A chen_g1

#SBATCH --qos=cheng4c

#SBATCH --gres=gpu:1

#SBATCH --overcommit

#SBATCH --mincpus=7

pkurun RFAA.run -pymol 8qhh 8qhh_input.fasta

2）提交到gpu_2l （800氨基酸以下）：   pkurun-g2c 1 1   RFAA.run -pymol 8IK4 8IK4_rfaa.fasta

3）提交到gpu_a800（1300氨基酸以下）：pkurun-a800 1 1  RFAA.run -pymol 8IK4 8IK4_rfaa.fasta

3）提交到gpu_ah00（1300氨基酸以下）：pkurun-h800 1 1  RFAA.run -pymol 8IK4 8IK4_rfaa.fasta

四、结果

1、对log文件分析

(pymol3) [chen@login28 alian]$ cat 8IK4_rfaa.log

#gen pymol by chenfj 

8IK4: (0.39987727999687195, 143, 5, 2.8700876235961914, 159, 922.0, 170) ##红色为RMSD

pae_inter: nan

mean_plddt: 0.8007603883743286

mean_pae: 9.388115882873535

pae_prot: 9.388115882873535)

runned min 44.5m  ## 跑的时间

2、打开pse文件

使用北极星图形界面（web）直接打开来看，如下

3、其他结构

核酸跑的很差，RNA和DNA单链目前还没有涉及，DNA双链也就是很少一部分能跑的可以

五、结果展示：

8IK4

6IJ2

8ILW

8JFR

8JFU

8JIC

8JKK

8K8D

8RZV

8S1W

8U0O

8U8L

8VXA

8XA9