四、在北极星集群上提交RoseTTAFold-All-Atom------和小分子非共价相互作用

一、命令格式

RFAA.run  [–pymol]  [pdb|fasta]  [small.pdb|small.mol2]

格式说明

3、 跑小分子mol2格式 :  RFAA.run  1tce.pdb     XG4.mol2

                          RFAA.run  input.fasta  XG4.mol2

4、 跑小分子pdb格式  :  RFAA.run  1tce.pdb     XG4.pdb

                          RFAA.run  input.fasta  XG4.pdb

5、 跑小分子sdf格式（OE生成的）:  RFAA.run  1tce.pdb     XG4.sdf

openeye（含smiles格式，推荐4，5）  RFAA.run  input.fasta  XG4.sdf

6、 生成pymol的pse文件，和）:     RFAA.run -pymol1tce 1tce.pdb     XG4.sdf

                                    RFAA.run -pymol 1tce 1tce.pdb    XG4.pdb

  -h, --help      显示帮助信息

  -v, --version   显示版本信息

三、提交案例- 8UAB+小分子

案例路径：/gpfs3/database/RFAA/alian

1、获取小分子：

 方法一，打开https://files.rcsb.org/view/8UAB.pdb

拖到最后，找到如下内容复制

到文件1W83small.pdb 并保存:

(pymol3) [chen@login28 testRFAA-sm]$ cat 1W83small.pdb

HETATM 2836 CL15 L11 A1355       5.936   9.758  30.388  1.00 28.98          CL

。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。

HETATM 2866  C27 L11 A1355       6.523  16.354  41.559  1.00 27.63           C

方法二：

使用pymol提取

在北极星极集群云桌面打开pse，在命令行位置输入fetch 1W83 

点击右下角s显示序列，滑动滚条，选中小分子

导出分子

选择sele，然后save

保存pdb格式分子，mol2也可以

2、yaml文件

(pymol3) [chen@login28 testRFAA-sm]$ cat rf2aa/config/inference/1W83_rfaa.yaml

#gen yaml 

###bjx ./1W83_rfaa_bjx_protein_bjx1.fasta

defaults:

  - base

job_name: "1W83_rfaa"

protein_inputs:

  A:

     fasta_file: ./1W83_rfaa_bjx_protein_bjx1.fasta

sm_inputs:

  B:

     input: 'Clc1ccc(cc1COc1cnccc1)NC(=O)c1cc(F)cc(c1)N1CCOCC1'  ##

     input_type: "smiles"

3、提交任务

1）提交到gpu_4l （800氨基酸以下）：  pkurun-g4c 1 1  RFAA.run -pymol1W83 1W83.pdb 1W83small.pdb

1W83.pdb 为晶体结构，也可以是fasta格式的文件， 1W83small.pdb为小分子结构

提交脚本

#!/bin/bash

#SBATCH -J RFA002851

#SBATCH -p gpu_4l

#SBATCH -N 1

#SBATCH -o RFA002851_%j.out

#SBATCH -e RFA002851_%j.err

#SBATCH --no-requeue

#SBATCH -A chen_g1

#SBATCH --qos=cheng4c

#SBATCH --gres=gpu:1

#SBATCH --overcommit

#SBATCH --mincpus=7

pkurun RFAA.run -pymol 8qhh 8qhh_input.fasta

2）提交到gpu_2l （800氨基酸以下）：   pkurun-g2c 1 1   RFAA.run -pymol1W83 1W83.pdb 1W83small.pdb

3）提交到gpu_a800（1300氨基酸以下）：pkurun-a800 1 1  RFAA.run -pymol1W83 1W83.pdb 1W83small.pdb

3）提交到gpu_ah00（1300氨基酸以下）：pkurun-h800 1 1  RFAA.run -pymol1W83 1W83.pdb 1W83small.pdb

四、结果

1、对log文件分析

(pymol3) [chen@login28 alian]$ cat 8IK4_rfaa.log

#gen pymol by chenfj 

1W83: (0.718203067779541, 308, 5, 2.247758150100708, 351, 1868.0, 359) ##红色为RMSD

pae_inter: 15.908234596252441 ##小分子相互作用的评分，13以下为佳

mean_plddt: 0.7959358096122742

mean_pae: 7.314639091491699

pae_prot: 5.888718128204346

runned min 43.78m## 跑的时间

2、打开pse文件

3、其他含小分子的结构

小分子：

1B6A

1ECS

1GMY

1MUE

1W83

1WBK

1WBM

2J47

2CM4

2JHS

5A82

5FP7

5FZN

8FV2

8G4A

8FXA

8G6T

8GDJ

8HQF

8INL

8JOT

8SV9

8U4W

8UAB

8TYP

8JVL

8BPW

8BOC

8W4S

8W48

8PJ7

8BM2

8BL0

8TXG