五、在北极星集群上提交RoseTTAFold-All-Atom------和小分子共价相互作用
一、提交案例- 8IT4+小分子
案例路径：/gpfs3/database/RFAA/alian
1、获取小分子8IT4small.pdb：参考小分子非共价作用
方法一，打开https://files.rcsb.org/view/8IT4.pdb
拖到最后，找到小分子内容复制并保存小分子文件8IT4small.pdb
方法二：
使用pymol提取
2、生成初始yaml文件
执行命令：RFAA.run 8IT4.pdb 8IT4small.pdbyaml ## 8IT4.pdb可以是fasta文件
(pymol3) [chenfj@login28 alian]$ cat rf2aa/config/inference/8IT4_rfaa.yaml
#gen yaml
###bjx ./8IT4_rfaa_bjx_protein_bjx1.fasta
defaults:
- base
job_name: "8IT4_rfaa"
protein_inputs:
A:
fasta_file: ./8IT4_rfaa_bjx_protein_bjx1.fasta
sm_inputs:
B:
input: 'c1(cccc(c1)S(=O)(=O)Nc1c(C(=O)OC)sc(c2ccc(cc2)Cl)c1)S(O)O'
input_type: "smiles"
covale_inputs: "[((\"A\", \"92\", \"OH\"), (\"B\", \"29\"), (\"null\", \"null\"))]" ##改这一部分
loader_params:
MAXCYCLE: 10 ##数值不通结构也不同
3、修改yaml文件
使用pymol标记残基的顺序和要连接的原子和氨基酸残基位置，如果序列不是从1开始注意加减序列的ID
确定氨基酸残基为Y为92位，OH原子
(RFAA) [chen@login28 testRFAA-sm]$ cat 8IT4_rfaa.fasta |grep -v ">" | awk '{print substr($0, 90 ,4)}'
RHYG
确定小分子的原子index，先做两次转化，这样可以重新定位置
obabel -ipdb 8IT4small.pdb -osmi -O 8IT4small.smi
obabel 8IT4small.smi -omol2 -O 8IT4small.mol2 --gen3d -d ##不加氢
使用pymol标记下index
4、提交任务
1）提交到gpu_4l （800氨基酸以下）： pkurun-g4c 1 1 RFAA.run -pymol8IT4 8IT4.pdb 8IT4small.pdb
1W83.pdb 为晶体结构，也可以是fasta格式的文件， 1W83small.pdb为小分子结构
提交脚本
#!/bin/bash
#SBATCH -J RFA002851
#SBATCH -p gpu_4l
#SBATCH -N 1
#SBATCH -o RFA002851_%j.out
#SBATCH -e RFA002851_%j.err
#SBATCH --no-requeue
#SBATCH -A chen_g1
#SBATCH --qos=cheng4c
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --overcommit
#SBATCH --mincpus=7
pkurun RFAA.run -pymol 8qhh 8qhh_input.fasta
2）提交到gpu_2l （800氨基酸以下）： pkurun-g2c 1 1 RFAA.run -pymol1W83 1W83.pdb 1W83small.pdb
3）提交到gpu_a800（1300氨基酸以下）：pkurun-a800 1 1 RFAA.run -pymol1W83 1W83.pdb 1W83small.pdb
3）提交到gpu_ah00（1300氨基酸以下）：pkurun-h800 1 1 RFAA.run -pymol1W83 1W83.pdb 1W83small.pdb
四、结果
1、对log文件分析
(pymol3) [chen@login28 alian]$ cat 8IT4_rfaa.log
pae_inter: 23.593738555908203 ##并不好
mean_plddt: 0.8045310378074646
mean_pae: 7.618948936462402
pae_prot: 4.1179609298706055
#gen pymol by chenfj
8IT4: (0.6144039034843445, 193, 5, 1.35)
2、使用北极星web云桌面查看pse文件
不能正常成键
不同MAXCYCLE的不同结果
