alphafold3安装和使用

alphafold3蛋白质和DNA相互作用(一)8ilw 双链 json模板

2024-11-22 01:14:27 admin 0

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从https://www.rcsb.org/fasta/entry/6JVX /display获取fasta文件,生成以下json,提交任务,其他参考,蛋白质和小分子的步骤

(AF3) [chenfj@s61b04n01 testaf3]$ cat 8ilw.json 

{
  "name": "8ILW",
  "modelSeeds": [1, 22, 333, 4444, 66666],
  "sequences": [
    {"protein": {
       "id": "A",
       "sequence": "KRPRTILTTQQRRAFKASFEVSSKPCRKVRETLAAETGLSVRVVQVWFQNQRAKMKKLAR"
      }
    },
    {
      "dna": {
        "id": "B",
        "sequence": "CAACACTTAATCCAAA"
      }
    },
    {
      "dna": {
        "id": "C",
        "sequence": "GTTTGGATTAAGTGTT"
      }
    }    
  ],
  "dialect": "alphafold3",
  "version": 1
}


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