编译程序 六：Anaconda-python我的地盘我偷懒
从conda、miniconda和anaconda三个名词来说用得最多比较熟悉的应该是anaconda吧，包办一切，帮我们安装好了很多包和环境，我们都喜欢用现成的东西，懒得自己捣鼓。
onda是一种通用包管理系统，旨在构建和管理任何语言和任何类型的软件。举个例子：包管理与pip的使用类似，环境管理则允许用户方便地安装不同版本的python并可以快速切换。
Anaconda则是一个打包的集合，里面预装好了conda、某个版本的python、众多packages、科学计算工具等等，就是把很多常用的不常用的库都给你装好了。
Miniconda，顾名思义，它只包含最基本的内容——python与conda，以及相关的必须依赖项，对于空间要求严格的用户，Miniconda是一种选择。就只包含最基本的东西，其他的库得自己装。
这里我们讲：北京大学北极星高性能计算平台中，如果安装Anaconda
一、下载和安装：
https://www.anaconda.com/distribution/#download-section
从这里选择对应的python版本，我们这里选择python3版本安装
也可以复制：
bash-4.2$ cp /lustre3/chenfj/soft_tar/Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh .
执行
bash-4.2$ sh Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh
出现这个回车：
Please, press ENTER to continue
>>>
认证选择yes，路径不安装在家目录要不会不够的
这里安装在：
[/home/test_pkuhpc/anaconda3] >>> /lustre2/test_pkuhpc/anaconda3
这里选no，因为考虑到多个用户，或者多个版本，比如anaconda2
二、配置source文件
bash-4.2$ mkdir /home/test_pkuhpc/source
bash-4.2$ vi /home/test_pkuhpc/source/anaconda3.sh
内容如下：记得改为自己的安装路径哦
bash-4.2$ cat /home/test_pkuhpc/source/anaconda3.sh
# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/lustre2/test_pkuhpc/anaconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
eval "$__conda_setup"
else
if [ -f "/lustre2/test_pkuhpc/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
. "/lustre2/test_pkuhpc/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh"
else
export PATH="/lustre2/test_pkuhpc/anaconda3/bin:$PATH"
fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<
初始化：
bash-4.2$ source /home/test_pkuhpc/source/anaconda3.sh
(base) bash-4.2$ which conda
/lustre2/test_pkuhpc/anaconda3/bin/conda
(base) bash-4.2$ which python
/lustre2/test_pkuhpc/anaconda3/bin/python
三、安装其他包：
安装包
安装不包含在Anaconda中的Python第三方包。通常情况下，可以使用下方这个命令：
conda install package_name
如果上方命令失败，可以使用pip包管理工具来安装第三方包：
pip install package_name
更新包
可以使用conda update命令来更新包：
conda update package_name
pip同样支持使用带--upgrade标志来更新包：
pip install --upgrade package_name
四、anaconda2
(base) bash-4.2$ cp /lustre3/chenfj/soft_tar/Anaconda2-2019.10-Linux-x86_64.sh .
(base) bash-4.2$ vi /home/test_pkuhpc/source/anaconda2.sh
(base) bash-4.2$ source /home/test_pkuhpc/source/anaconda2.sh
(base) bash-4.2$ which python
/lustre2/test_pkuhpc/anaconda2/bin/python
(base) bash-4.2$ cat /home/test_pkuhpc/source/anaconda2.sh
# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/lustre2/test_pkuhpc/anaconda2/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
eval "$__conda_setup"
else
if [ -f "/lustre2/test_pkuhpc/anaconda2/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
. "/lustre2/test_pkuhpc/anaconda2/etc/profile.d/conda.sh"
else
export PATH="/lustre2/test_pkuhpc/anaconda2/bin:$PATH"
fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<
六、安装包测试 easy-xml
1、在anaconda2下安装
使用pip安装：
(base) bash-4.2$ source /home/test_pkuhpc/source/anaconda2.sh
(base) bash-4.2$ pip install easy-xml
Downloading https://files.pythonhosted.org....../easy_xml-0.5.0-py2-none-any.whl
Installing collected packages: easy-xml
Successfully installed easy-xml-0.5.0
卸载：
(base) bash-4.2$ pip uninstall easy-xml
Uninstalling easy-xml-0.5.0:
Would remove:
/lustre2/test_pkuhpc/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/easy_xml-0.5.0.dist-info/*
/lustre2/test_pkuhpc/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/easy_xml/*
Proceed (y/n)? y
Successfully uninstalled easy-xml-0.5.0
使用conda安装
(base) bash-4.2$ conda install easy-xml
没有安装成功
2、使用anaconda3 安装看看
使用conda安装
(base) bash-4.2$ conda install easy-xml
一样出现上图提示
使用pip安装
(base) bash-4.2$ pip install easy-xml
估计python3不支持了
我们测试下安装pyensembl：
(base) bash-4.2$ pip install pyensembl
成功了
使用conda安装也没有成功，估计是被对方封了吧！
所以，我们最好养成一个好习惯，用source或者module去使用不同软件，尽量不写入bashrc里。比如这个教程，如果是写入bashrc里使用起来不方便，有时候会混乱。