一、singularity快速使用入门-北极星

Singularity 是一个开放源码容器平台，旨在简化、快速和安全。Singularity 是针对 EPC 和 HPC 工作负载进行优化的，允许不受信任的用户以可信的方式运行不受信任的容器，就是可以在容器里面享受root权限

一、singularity容器技术在北极星集群的快速使用

这里以autodock4为例（尽量在login06会快些）

1、查询镜像，推荐使用docker比较全，singularity比较少，比如：

dockersearch autodock4

2、拉取docker镜像并存在本地

singularitybuild   autodock4.sif  docker://lucioric/autodock4

需要去https://hub.docker.com/搜索自己想要的版本的tag

3、执行镜像程序，跑外部的文件

先复制结构文件：

cp /gpfs1/share/singularity/plk1/ . -rf

进入目录：

cd plk1    

###这一步比较关键，如果是其他程序得文件夹，如yourpath，那就cd yourpath，必须将要运行得文件放在这里。

4、本地测试

singularityrun ../autodock4.sif  autodock4 -p 1tce-a.dpf

singularityrun会挂载当面目录得，singularityrun相当于：

singularity run  -B $PWD:/mnt/  -H /mnt   其中-B 选项就是挂载得意思，$PWD为当前目录，mnt为挂载点为mnt

你也可以 继续挂载目录（前提是你必须有挂载点） 如：

singularityrun -B /lustre1/yourpath:/lustre1/yourpath ../autodock4.sif autodock4 -p 1tce-a.dpf

注意：../ 得指定sif文件的相对或者绝对路径

如果是singularityrun4 请加上cd：singularityrun4 ../autodock4.sif  cd; autodock4 -p 1tce-a.dpf

5、提交脚本：

pkurun-cnlong 1 1 "singularityrun ../autodock4.sif autodock4 -p 1tce-a.dpf"

6、脚本运行情况如下，

ls /usr/local/bin/autodock4 是查看运行的是系统还是容器的，系统没有发现所以是容器的

7、与没有使用容器进行比较

测试结果发现用容器的快了些，估计是进行优化了

8、报错：忽略

cat 183254_16574762.err

/usr/local/bin/autodock4: creating docking log file 1tce-a.dlg

/usr/local/bin/autodock4: WARNING: Using autodock4.0 unbound extended model in autodock4.2!