alphafold3--cif格式汇总

CIF文件的基本结构和内容

CIF文件由以下几个部分组成：

• ‌文件头部‌：包含文件的来源、版本、日期、作者、引用等元数据，以及一些全局的设置和定义。

• ‌数据块‌：包含了一个或多个晶体结构的具体数据，每个数据块以“data_”开头，后面跟着一个唯一的标识符。数据块中的数据可以分为标签和值，标签是以“_”开头的预定义或自定义的关键字，值是与标签对应的具体数据，可以是数字、字符串、表达式等。数据块中还可以包含注释、循环、保存等其他元素。

• ‌文件尾部‌：可以为空，也可以包含一些全局的设置和定义‌3。

CIF文件在晶体学研究中具有广泛的应用，包括但不限于：

• ‌结构精修‌：通过CIF文件可以精确地修正晶体的结构参数。

• ‌理论计算‌：在理论计算中，CIF文件提供了必要的晶体结构信息，帮助进行模拟和预测。

• ‌绘制晶体结构图‌：使用Diamond、VESTA等软件可以直接修改CIF文件并绘制晶体结构图，非常适合用于论文插图、制作PPT报告和撰写基金申请书‌23。

CIF文件的获取和验证

获取CIF文件通常可以通过CCDC（Cambridge Crystallographic Data Centre）   PDB等数据库下载，也可以通过一些网站整理的CIF文件库获取。验证CIF文件的正确性可以通过checkCIF网站进行，用户可以上传CIF文件并选择验证类型，系统会生成HTML或PDF格式的验证报告‌4。

、CIF文件含义

晶体学信息文件(Crystallographic Information File, CIF)是以“.cif”结尾的计算机文件，它包含了晶体的晶胞参数、原子坐标、文献资料等信息。各种晶体、材料计算处理软件，如Vesta，Diamond，GSAS，Mercury，Rasmal，Materials Studio等都以晶体信息文件作为输入或者输出结果。 

2、CIF文件内容解析

CIF文件的读取需要用到前面所述的晶体/材料学专门的软件，不过也可以用 Windows 自带的记事本和写字板打开。 CIF文件包含的内容可以分为如下几个部分，以 NaCl 的 CIF文件为例：

（1）主要涉及CIF文件的下载来源，编辑和使用信息。此部分信息用处不大

（2）CIF文件的数据编号以及此CIF文件的文献出处，包括作者名称，题目，杂志名称，页码，DOI等信息，方便引用

（3）该部分主要为晶体的结构信息，包括结构式，各个原子及其数量，空间群编码，晶系（cubic），空间群（Fm-3m），晶胞夹角（alpha, beta, gamma），晶胞包含的分子数Z，晶胞尺寸（a, b, c），晶胞体积（volume）等

（4）晶体中的对称位置及其坐标信息，信息很长，没有截取完全

（5）各个原子的参数信息。其中左半部分的描述分别竖排对应右半部分的信息，依次为：标签，符号，多重性，Wykoff标记，原子坐标（x, y, z），占位度，吸附的氢和原子位置计算标记

（6）原子的类型及其价态

 3、CIF文件的获取

（1）晶体学开放数据库：Crystallography Open Database

 （亲测好用）[Search] >> [1 to 8 elements] 输入指定待查询化合物的元素 >> [number of distinct elements min and max] 输入带查询化合物的数量 >> [Send] 查询

数据库中包含有机，无机，金属有机化合物和矿物质的晶体结构，不包括生物聚合物

（2）无机晶体结构数据库（ICSD）：Inorganic Crystal Structure Database (ICSD) | Physical Sciences Data science Service (psds.ac.uk)

（3）PCOD数据库：Crystallography Open Database

（4）美国矿物协会晶体结构数据库：American Mineralogist Crystal Structure Database (arizona.edu)

（5）有机和金属有机结构的数据库：

（6）springer materials 数据库：SpringerMaterials – properties of materials

参考链接：

https://zhuanlan.zhihu.com/p/54099400

（7）materials project：Materials Project - Home

（8）Findit软件：无机晶体结构数据库