四、在singularity安装举例:在北极星集群里运行centos8.4(python3)以及ubuntu(三)
这里我们以centos8.4为例子,这个版本python2已经换成python3
1、搜索
dockersearch centos8
2、获取高版本的centos,如果涉及修改内核等,需要进入本地系统,参考(二)
推荐使用北极星集群,比较快,在login06上执行
singularitybuild --no-https --sandbox centos8.4 docker://bjxdockerfast:5000/centos8.4_bjx:latest
或者其他登陆节点:
singularitybuild --no-https --sandbox centos8.4 docker://bjxdocker:5000/centos8.4_bjx:latest
或者从官网上获取(这里我们不推荐,因为官方的yum源是无法使用的,可以自己测试):
singularitybuild --sandbox centos8.4 docker://centos:latest
查看tags https://hub.docker.com/_/centos/tags latest就是最新版本
3、进入系统安装相关软件,以虚拟root的身份进入的
8.0以后的版本yum被dnf踢掉,但是yum仍可以使用
singularityshell --fakeroot -B /appsnew -w centos8.4
Apptainer>yum install -y gcc gcc-c++ gcc-gfortran readline-devel bzip2-devel libXt-devel tcl tcl-devel tk tk-devel
Apptainer>yum install -y mesa-libGLU mesa-libGLU-devel libcurl-minimal libcurl-devel xz-devel.x86_64 pcre2-devel libicu wget which perl
Apptainer>dnf install python3
Apptainer>pip3 list
Apptainer> pip3 install numpy
Apptainer>exit
如果有异常可以忽略
4、ubuntu
1} dockersearch ubuntu
2}拉取:
singularitybuild --no-https --sandbox ubuntu docker://bjxdocker:5000/ubuntujammy221101
其他同前面centos,只不过dnf(yum)改为apt