第一个结构1tce -alphafold3蛋白质和小肽相互作用json模板

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第一个结构-蛋白质和小肽

1TCE：

一、json结构的准备

1、从pdb获取fasta结构

2、从实验（测序）获取fasta文件

3、从ncbi获取fasta文件

4、生成json文件

将上述获取的fasta文件，复制到下面文件序列部分

(AF3) [chenfj@s61b04n01 testaf3]$ cat 1tce.json

{

  "name": "1tce",

  "modelSeeds": [1, 22, 333, 4444, 66666],

  "sequences": [

    {"protein": {

       "id": "A",

       "sequence": "AEQLRGEPWFHGKLSRREAEALLQLNGDFLVRESTTTPGQYVLTGSQSGQPKHLLLVDPEGVVRTKDHRFESVSHLISYHMDNHLPIISAGSELCLQQPVERKLLEH"

      }

    },

    {"protein": {

        "id": "B",

        "sequence": "GHDGLYQGLSTATK"

      }

    }

  ],

  "dialect": "alphafold3",

  "version": 1

}

"modelSeeds": [1, 22, 333, 4444, 66666],为种子数，每个有5个结构

 5、检验json文件，复制到vscode检验,右键格式化文档，或者直接在vscode里编辑，下图红色报错，明显少了右边花括号

二、提交任务

1、提交去l40

执行命令：

pkurun-l40 1 1 AF3RUN.sh 1tce.json

pkurun-l40 1 1 AF3RUN.sh 1tce.json

[chenfj@login28 testaf3-0]$ pkurun-l40 1 1 AF3RUN.sh 1tce.json

生成的文件：其中AF3073650_24377011.err为af3输出、AF3073650_24377011.out为集群run的过程输出

job.srp开头的为提交脚本

[chenfj@login28 testaf3-0]$ ll

total 36

-rw-r--r-- 1 chenfj chenfj   397 Nov 18 01:39 1tce.json

-rw-rw-r-- 1 chenfj chenfj  2865 Nov 19 07:36 AF3073650_24377011.err

-rw-rw-r-- 1 chenfj chenfj 19148 Nov 19 07:36 AF3073650_24377011.out

drwxrwxr-x 8 chenfj chenfj  4096 Nov 19 07:36 alphafold3

-rwx------ 1 chenfj chenfj   276 Nov 19 07:36 job.srp073650

查看生成的脚本，后期可以直接修改脚本 sbatch job.srp073650 提交就可以

[chenfj@login28 testaf3-0]$ cat job.srp073650 

#!/bin/bash

#SBATCH -J AF3073650

#SBATCH -p gpu_l40

#SBATCH -N 1 

#SBATCH -o AF3073650_%j.out

#SBATCH -e AF3073650_%j.err

#SBATCH --no-requeue

#SBATCH -A chenfj_g1

#SBATCH --qos=chenfjl40

#SBATCH --gres=gpu:1

#SBATCH --overcommit

#SBATCH --mincpus=7

pkurun AF3RUN.sh 1tce.json

[chenfj@login28 testaf3-0]$ 

2、提交去其他GPU分区

pkurun-l40  1 1 AF3RUN.sh 1tce.json

pkurun-h800 1 1 AF3RUN.sh 1tce.json

pkurun-a800 1 1 AF3RUN.sh 1tce.json (需要预约)

gpu_4l和gpu_2l 为V100均不支持，会爆炸结构

三、生成的结果

参考文献 

https://www.jianshu.com/p/53927176c618

https://zhuanlan.zhihu.com/p/716050328

下图青色的PDB库的核磁结构，绿色为计算的结构，loop比较多，所以 "fraction_disordered": 0.12,叠合的RMSD为0.98