alphafold3蛋白和小分子相互作用（一）8ssv json模板，小分子结构库里有的（2024年11月结构）
2024-11-22 01:10:43
admin
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使用https://www.rcsb.org/ligand/H71 的smiles格式计算
1、获取小分子信息
2、打开网页，
.png "图片关键词")
3、打开https://www.rcsb.org/fasta/entry/8SSV/display fasta文件
4、汇总信息、生成json文件，
8ssv.json:
{
"name": "8ssv",
"modelSeeds": [1, 22, 333, 4444, 66666],
"sequences": [
{"protein": {
"id": "A",
"sequence": "GSHMLREKSEKFAFQAEVNRMMKLIINSLYKNKEIFLRELISNASDALDKIRLISLTDENALAGNEELTVKIKCDKEKNLLHVTDTGVGMTREELVKNLGTIAKSGTSEFLNKMTEAQEDGQSTSELIGQFGVGFYSAFLVADKVIVTSKHNNDTQHIWESDSNEFSVIADPRGNTLGRGTTITLVLKEEASDYLELDTIKNLVKKYSQFINFPIYVWSSKTGGGGKTVWDWELMN"
}
},
{"ligand": {
"id": "B",
"smiles": "CC(C)NCCCn1c2c(c(ncn2)N)nc1Sc3cc4c(cc3I)OCO4"
}
}
],
"dialect": "alphafold3",
"version": 1
}
5、提交脚本
pkurun-l40 1 1 AF3RUN.sh 8ssv.json
6、结果：
下图青色的PDB库的结构，绿色为计算的结构,蛋白质叠合的RMSD为0.275
.png "图片关键词")