alphafold3蛋白和小分子相互作用（二）1w83 json模板 小分子转换为smiles格式
2024-11-22 01:10:51
admin
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1、截取1w83的小分子存为pdb文件
.png "图片关键词")
使用 obabel 转化
obabel -ipdb 1w83small.pdb -osmi -O 1w83small.smi
如果是mol2格式或者sdf格式
obabel -imol2 1w83small.mol2 -osmi -O 1w83small.smi
obabel -isdf 1w83small.sdf -osmi -O 1w83small.smi
2、获取蛋白fasta，然后生成json文件
https://rcsb.org/fasta/entry/1w83/display
{
"name": "1W83",
"modelSeeds": [1, 22, 333, 4444, 66666],
"sequences": [
{"protein": {
"id": "A",
"sequence": "MSQERPTFYRQELNKTIWEVPERYQNLSPVGSGAYGSVCAAFDTKTGLRVAVKKLSRPFQSIIHAKRTYRELRLLKHMKHENVIGLLDVFTPARSLEEFNDVYLVTHLMGADLNNIVKCQKLTDDHVQFLIYQILRGLKYIHSADIIHRDLKPSNLAVNEDCELKILDFGLARHTDDEMTGYVATRWYRAPEIMLNWMHYNQTVDIWSVGCIMAELLTGRTLFPGTDHIDQLKLILRLVGTPGAELLKKISSESARNYIQSLTQMPKMNFANVFIGANPLAVDLLEKMLVLDSDKRITAAQALAHAYFAQYHDPDDEPVADPYDQSFESRDLLIDEWKSLTYDEVISFVPPPLDQEEMES"
}
},
{"ligand": {
"id": "C",
"smiles": "Clc1ccc(cc1COc1cnccc1)NC(=O)c1cc(F)cc(c1)N1CCOCC1"
}
}
],
"dialect": "alphafold3",
"version": 1
}
下图青色的PDB库的结构，绿色为计算的结构
.png "图片关键词")