alphafold3蛋白和小分子相互作用（四）8IT4 蛋白质和小分子共价json模板

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8IT4

1、获取小分子SKU的cif文件

https://www.rcsb.org/ligand/SKU

如何查看ccdCodes：下图显示是SKU，连接原子数是29。连接的残基是A链的92位置氨基酸

下载 https://files.rcsb.org/ligands/download/SKU.cif

2、预先准备好json

记住：

a、bond必须使用cif不能用smiles，而且得自己合进json文件

b、"ccdCodes": ["SKU"]  有个[ ]区别smiles

(AF3) [chenfj@s61b04n01 testaf3]$ cat  8it4org.json    

{

  "name": "8IT4",

  "modelSeeds": [1, 22, 333, 4444, 66666],

  "sequences": [

    {"protein": {

       "id": "A",

       "sequence": "MAAYKLVLIRHGESAWNLENRFSGWYDADLSPAGHEEAKRGGQALRDAGYEFDICFTSVQKRAIRTLWTVLDAIDQMWLPVVRTWRLNERHYGGLTGLNKAETAAKHGEAQVKIWRRSYDVPPPPMEPDHPFYSNISKDRRYADLTEDQLPSCESLKDTIARALPFWNEEIVPQIKEGKRVLIAAHGNSLRGIVKHLEGLSEEAIMELNLPTGIPIVYELDKNLKPIKPMQFLGDEETVRKAMEAVAAQGKAKKLEHHHHHH"

      }

    },

    {"ligand": {

        "id": "B",

        "ccdCodes": ["SKU"]

      }

    }

  ],

  "bondedAtomPairs": [

    [["A", 92, "OH"], ["B", 29, "S12"]]

  ],

  "dialect": "alphafold3",

  "version": 1

}

3、合成json文件，文件都在alphafold3下

python3 alphafold3/add_userccd.py   -c  SKU  -j 8it4org.json

或者 alphafold3/add_userccd.sh  8it4org.json  SKU.cif

（校外可以联系我们提供脚本，python的脚本为朱jintao同学提供，bash脚本为提供）

4、提交任务：

pkurun-l40 1 1 AF3RUN.sh 8it4org_add_userccd.json

 5、能成功运行，结果差强人意！！！！