四、在af中使用pymol（二）使用python下载结构、创建和查看pse文件和渲染图片
pse文件为pymol的会话文件；pse 文件类似于PS中的psd文件，方便修改调整。
1、进入虚拟环境--alphafold2.3，执行python
2、复制粘贴以下内容，配置好库文件
from fnmatch import fnmatch
如下图，就说明配置成功了：
#下载pdb文件1G9A（以下部分可以直接复制粘贴执行）；
脚本命令请参考：
https://pymol.org/pymol-command-ref.html#orient
https://zhuanlan.zhihu.com/p/416707495
#设置下载的pdb文件
i="1G9A"
cmd.fetch(i)
#删除H键；删除水分子 。如何选择，请参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/121215784
cmd.remove("(solvent and 1G9A)")
#命名1G6A文件名，保存pse文件
cmd.save("%s.pse"%i,all,-1,"pse")
#设置背景为白色；设置背景为不透明
cmd.set("ray_opaque_background", '1')
#渲染i=1G9A图片并保存，分辨率为2000*1500 ，dpi每英寸的像素数为300
cmd.png("%s.png"%i,width=2000, height=1500, dpi=300, ray=1)
3、打开pse文件，可以直接使用图形界面打开，或者下载到本地打开
4、打开图形文件：
完整的代码：
import pymol,os,codecs,re
cmd.remove("(solvent and 1G9A)")
cmd.save("%s.pse"%i,all,-1,"pse")
#设置背景为白色；设置背景为不透明
cmd.set("ray_opaque_background", '1')
#渲染i=1G9A图片并保存，分辨率为2000*1500 ，dpi每英寸的像素数为300
cmd.png("%s.png"%i,width=2000, height=1500, dpi=300, ray=1)