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三、在北极星集群上提交RoseTTAFold-All-Atom------核酸序列
一、fasta格式，必须按照标准来定义：1、核酸和蛋白的fasta格式：8IK4_org.fasta：>8IK4_1|Chains A, B|Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrB subunit|Escherichia coli K-12 (83333)MESIQPWIEKFIKQAQQQRSQSTKDYPTSYRNLRVKL
2024-04-13 admin 0
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五、singularity之MPI--在容器中使用amber的mpi（一）
MPI是一个跨语言的通讯协议，用于编写并行计算，主要是跨节点并行（一）、singularity中使用mpi--amber，使用北极星环境中的amber1、在 /lustre1等并行文件系统执行一下命令，在login06上执行singularitybuild --sandbox centos7.6_bjxenv_0 docker://bjxdockerfast:5000/centos7.6_
2022-12-05 admin 109
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![alphafold3蛋白质和DNA相互作用（一）8ilw 双链 json模板]()
alphafold3蛋白质和DNA相互作用（一）8ilw 双链 json模板
从https://www.rcsb.org/fasta/entry/6JVX /display获取fasta文件，生成以下json，提交任务，其他参考，蛋白质和小分子的步骤(AF3) [chenfj@s61b04n01 testaf3]$ cat 8ilw.json { "name": "8ILW", "modelSeeds": [1
2024-11-22 admin 0
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![七、苹果键盘设置]()
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![alphafold3蛋白质和DNA相互作用（二）更新中，请关注]()
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![五、singularity之MPI--在容器中amber编译（含cuda））和使用容器中的amber MPI（二）]()
五、singularity之MPI--在容器中amber编译（含cuda））和使用容器中的amber MPI（二）
（二）、singularity中使用mpi--amber，自己编译amber（含cuda）1、在login06上执行singularitybuild --sandbox centos7.6_bjxenv_0 docker://bjxdockerfast:5000/centos7.6_bjxenv_0 其他登陆节点：singularitybuild --sandbox centos7.6_
2022-12-06 admin 103
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![八、dconf-MATE，Unity和GNOME得界面数据库]()
八、dconf-MATE，Unity和GNOME得界面数据库
一、dconf：恢复桌面环境的默认设置dconf reset -f /就可以恢复原先得默认设置二、编辑-图形界面下dconf-editor
2023-09-14 admin 0
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![四、在北极星集群上提交RoseTTAFold-All-Atom------和小分子非共价相互作用]()
四、在北极星集群上提交RoseTTAFold-All-Atom------和小分子非共价相互作用
一、命令格式RFAA.run [–pymol] [pdb|fasta] [small.pdb|small.mol2]格式说明3、 跑小分子mol2格式 : RFAA.run 1tce.pdb XG4.mol2 RFAA.run input.fasta XG4.mol24、 跑小分子pdb格式 : RFAA.run 1tc
2024-04-12 admin 0
