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![三、查询tag，和使用原生centos挂载使用北极星集群安装软件--singularity修改、打包和运行镜像]()
三、查询tag，和使用原生centos挂载使用北极星集群安装软件--singularity修改、打包和运行镜像
三、修改镜像并打包，将/appnews挂载到容器里，这里我们以运行/appsnew/usr/R/R-4.2.0/lib64/R为例这种就可以把集群已经安装好的软件，打包到里面去，然后安转设置别的软件，比如intel编译器等，后面mpi、GPU会讲到1、拉取推荐使用北极星集群dockerserver执行：dockersearch centos输入提示如箭头在login06（比较快）：singular
2022-12-05 admin 151
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![alphafold3蛋白和小分子相互作用（四）8IT4 蛋白质和小分子共价json模板]()
alphafold3蛋白和小分子相互作用（四）8IT4 蛋白质和小分子共价json模板
8IT41、获取小分子SKU的cif文件https://www.rcsb.org/ligand/SKU如何查看ccdCodes：下图显示是SKU，连接原子数是29。连接的残基是A链的92位置氨基酸下载 https://files.rcsb.org/ligands/download/SKU.cif2、预先准备好json记住：a、bond必须使用cif不能用smiles，而且得自己合进json文件b、
2024-11-25 admin 0
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![四、在af中使用pymol（二）使用python下载结构、创建和查看pse文件和渲染图片]()
四、在af中使用pymol（二）使用python下载结构、创建和查看pse文件和渲染图片
pse文件为pymol的会话文件；pse 文件类似于PS中的psd文件，方便修改调整。1、进入虚拟环境--alphafold2.3，执行python[chen@login29 etc]# source /appsnew/source/Anaconda3-2022.05-local.sh(base)[chen@login29 etc]$conda activate alphafold2.3(alp
2023-05-06 admin 19
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![四、公共app桌面的图标建立-（一）雷鸟邮件系统]()
四、公共app桌面的图标建立-（一）雷鸟邮件系统
一、需要root权限去完成，如果有公共的app做好后联系管理员后，复制到[root@login26 applications]# pwd/usr/share/applications这个文件二、查找icons图标文件，使用rpm -ql 去查看包已经安装文件[root@login26 applications]# rpm -ql thunderbird |grep -i icons/usr/l
2023-04-26 admin 56
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![alphafold3蛋白和小分子相互作用（五）其他新分子作用的结果-持续更新]()
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![二、在北极星集群上提交RoseTTAFold-All-Atom------fasta格式]()
二、在北极星集群上提交RoseTTAFold-All-Atom------fasta格式
在北极星集群上提交RoseTTAFold-All-Atom------fasta格式一、fasta格式，必须按照标准来定义：1、蛋白的fasta>2V5P_1|Chains A, B|CATION-INDEPENDENT MANNOSE-6-PHOSPHATE RECEPTOR|Homo sapiens (9606)MKSNEHDDCQVTNPSTGHLFDLSSLSGRAGFTAAYSEK
2024-04-13 admin 0
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![四、公共app桌面的图标建立-（二）pymol查看结构和在我的桌面创建pymol图标]()
四、公共app桌面的图标建立-（二）pymol查看结构和在我的桌面创建pymol图标
1、进入桌面目录[root@login28 applications]# cd /usr/share/applications2、创建桌面文件并输入一下内容[root@login28 applications]# vi pymol2.5.desktop [root@login28 applications]# cat pymol2.5.desktop [Desktop Entry]Type=Ap
2023-05-02 admin 24
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![四、在singularity安装举例：安装自己的R（一）]()
四、在singularity安装举例：安装自己的R（一）
三、本节为如何构建自己的虚拟centos7.6 有yum权限，你可以编译安装别的东西，这里以R为例1、拉取并进入新的镜像，推荐使用北极星集群的docker服务器会快些singularitybuild --sandbox R-4.1.2 docker://bjxdocker:5000/centos7.6_bjx:latestsingularitybuild --sandbox R-4.1.2
2022-12-05 admin 234
