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![一、在北极星集群运行alphafold2和结构展示]()
一、在北极星集群运行alphafold2和结构展示
在北极星集群运行alphafold2：一、创建并进入lustre3文件夹（lustre1/2/4 gpfs1/2/3,运行比较慢）mkdir /lustre3/groupname/yourname二、单GPU执行：四卡GPU：alphafold-g4c your.fasta 双卡GPU：alphafold-g2c your.fasta --------------------------
2023-05-02 admin 1967
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![alphafold3--cif格式汇总]()
alphafold3--cif格式汇总
CIF文件的基本结构和内容CIF文件由以下几个部分组成：文件头部：包含文件的来源、版本、日期、作者、引用等元数据，以及一些全局的设置和定义。数据块：包含了一个或多个晶体结构的具体数据，每个数据块以“data_”开头，后面跟着一个唯一的标识符。数据块中的数据可以分为标签和值，标签是以“_”开头的预定义或自定义的关键字，值是与标签对应的具体数据，可以是数字、字符串、表达式等。数据块中还可以包含
2024-11-22 admin 0
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![一、singularity快速使用入门-北极星]()
一、singularity快速使用入门-北极星
Singularity 是一个开放源码容器平台，旨在简化、快速和安全。Singularity 是针对 EPC 和 HPC 工作负载进行优化的，允许不受信任的用户以可信的方式运行不受信任的容器，就是可以在容器里面享受root权限一、singularity容器技术在北极星集群的快速使用这里以autodock4为例（尽量在login06会快些）1、查询镜像，推荐使用docker比较全，singulari
2024-03-21 admin 418
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![二、在图形界面中使用终端启动Rstudio，并定义自己的R路径和自己的编译环境]()
二、在图形界面中使用终端启动Rstudio，并定义自己的R路径和自己的编译环境
1、如下图打开终端2、在终端里输入或者设置R的路径：1）R路径[fangt@login25 ~]# source /appsnew/source/R-4.2.3.sh或者输入 export R_HOME=/appsnew/usr/R/R-4.2.3/lib64/Rexport PATH=$R_HOME/bin:$PATH2）gcc路径，这里我们使用gcc8.0[fangt@login25 ~]#
2023-05-25 admin 132
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![二、在北极星集群运行alphafold2.2]()
二、在北极星集群运行alphafold2.2
在北极星集群运行alphafold2.2：一、创建并进入lustre3文件夹（lustre1/2/4 gpfs1/2/3,运行比较慢）mkdir /lustre3/groupname/yourname二、使用GPU1、单GPU执行：A、单体四卡GPU：alphafold2.2-g4c your.fasta 双卡GPU：alphafold2.2-g2c your.fasta B：多聚体四卡GP
2023-05-02 admin 177
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![第一个结构1tce -alphafold3蛋白质和小肽相互作用json模板]()
第一个结构1tce -alphafold3蛋白质和小肽相互作用json模板
第一个结构-蛋白质和小肽1TCE：一、json结构的准备1、从pdb获取fasta结构2、从实验（测序）获取fasta文件3、从ncbi获取fasta文件4、生成json文件将上述获取的fasta文件，复制到下面文件序列部分(AF3) [chenfj@s61b04n01 testaf3]$ cat 1tce.json{ "name": "1tce", &
2024-11-25 admin 0
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![alphafold3蛋白质和蛋白质相互作用json模板--更新中]()
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![三、在图形界面创建桌面快捷方式-（一）rstudio和自定义桌面图标启动不同版本R和环境]()
三、在图形界面创建桌面快捷方式-（一）rstudio和自定义桌面图标启动不同版本R和环境
使用系统的R，在rstuio里可以安装自己的R包1、创建桌面快捷命令的文件夹[chen@login25 ~] mkdir -p ~/my.desktop2、建立shell命令文件，参考 第部分二vi ~/my.desktop/rstudio-r4.2.3.desktopsource /appsnew/source/R-4.2.3.shsource /opt/rh/devtoolset-8/ena
2023-10-18 admin 95
